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论文和专利作为科学研究的两大产出，在计量学中，对论文和专利的研究是平行的、可比的，由此，可从文献计量角度来对比分析论文和专利。本文从科研合作网络的角度来对比分析论文合作和专利合作。 本研究选取八种中草药化合物在2003年到2012年间在SciFinder数据库中收录的论文和专利作为数据源，采用文献计量和社会网络分析的方法，统计出其论文中作者合作和专利中专利权人合作的基本情况，并在此基础上构建作者合作网络和专利权人合作网络，进行对比分析，得到其共性与差异。 本研究揭示出了论文合作网和专利合作网的共性和差异，主要结论如下: 论文中作者的合作次数更多、合作频率高; 论文合作网的网络规模较大，而专利合作网则较小; 专利合作网的密度远远大于论文合作网的密度，专利合作尽管规模小、频次低，但是合作较为紧密; 论文合作网和专利合作网皆符合“小世界效应”，表现出无尺度网络的特性; 作者合作网络中成分较多，并且存在着少量的大型合作团体，小规模的团体普遍存在，而专利合作网络中的成分较少，成分规模均较小; 论文合作网络模式较为复杂，而专利合作网络模式较为单一; 本研究提供了一个可以将其进行对比分析的方法，并且初步得出上述结论，以期能揭示出同一化合物的两种合作网络的区别和内部联系，从而为后续的科学合作和技术合作研究提供独特视角。