大鼠肝再生中高表达IncRNA调节肝细胞增殖的途径和方式研究

来源 :河南师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xiaoPhaiM
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本研究采用高通量测序方法检测大鼠2/3肝切除诱导的肝再生10个时间点肝细胞中表达的lncRNA,根据表达丰度筛选出高表达lncRNA。结果表明,大鼠肝再生10个时间点肝细胞中共表达11389个lncRNA,其中,130个lncRNA的表达丰度在100以上,为高表达lncRNA。为了解这些高表达lncRNA对肝再生的调节作用,采用生物信息学方法预测其靶基因,结果表明,130个高表达lncRNA有1314个靶基因。从靶基因角度出发,为进一步筛选出待研究的lncRNA及其在肝再生中的作用,用Rat Genome 230 2.0基因芯片检测上述1314个高表达lncRNA靶基因在大鼠肝再生10个时间点肝细胞中的表达谱。结果表明,有751个靶基因被检测到,其中243个发生了有意义表达变化,包括175个有意义上调靶基因,66个有意义下调靶基因,2个上/下调靶基因。分析这243个高表达lncRNA有意义靶基因参与的生理活动表明,其中238个靶基因功能已知,主要参与应激反应、发育过程、细胞通讯、信号传导、核酸代谢、器官发育、分子运输、细胞增殖和细胞分化等生理活动,其中,参与细胞增殖的有意义靶基因有68个。本文选取细胞增殖活动进一步研究高表达lncRNA通过其有意义靶基因调节肝再生的途径和方式。根据本研究组已建立的方法确认上述243个高表达lncRNA有意义靶基因参与的信号通路,结果表明,它们共参与15条细胞增殖相关信号通路。用谱函数Ep(t)分析这些信号通路的信号传导活动表明,其中的6条通路在肝再生的起始和/或进展阶段被激活,分别为Growth Hormone通路、NF-κB通路、PI3K/AKT通路、HGF通路、IL-6通路和cAMP通路。进一步分析上述68个细胞增殖靶基因的协同作用表明,它们所支配的细胞增殖活动在肝再生的进展阶段被激活,说明高表达lncRNA有意义靶基因所支配的细胞增殖信号通路的信号传导活动与高表达lncRNA有意义靶基因所支配的细胞增殖活动呈正相关。以上结果说明,由高表达lncRNA有意义靶基因所富集出的Growth Hormone、NF-κB、PI3K/AKT、HGF、IL-6和cAMP 6条细胞增殖相关信号通路对大鼠肝再生中肝细胞的增殖活动起促进作用。这6条信号通路共涉及9个lncRNA的调节作用。本研究丰富了大鼠肝再生中的基因表达调节网络,为进一步解析大鼠肝再生机理提供了资料。
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