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随着我国养鸡业的迅速发展,产生了大量的粪便,给环境带来了污染。为研究鸡粪、堆肥发酵及发酵鸡粪施肥后土壤中细菌群落变化规律,探究重金属、抗生素残留及养分对细菌群落的影响,同时研究抗生素耐药基因消减情况,本研究采集鸡粪、鸡粪发酵堆肥及施肥土壤样品,采用16S rRNA高通量测序技术研究鸡粪-堆肥-土壤中细菌群落变化,分析潜在病原菌、益生菌的种类及丰度;测定样品中重金属、抗生素和养分含量,使用PCR检测了17种耐药基因,使用qPCR检测了5种耐药基因的相对丰度,分析重金属、养分、抗生素及其耐药基因含量在鸡粪-堆肥-土壤中的变化情况;分析重金属、养分、抗生素及抗生素耐药基因与细菌群落的相关性,探讨养分、重金属、抗生素对细菌群落、耐药基因的影响。高通量测序结果表明,在门水平,鸡粪及堆肥中以Firmicutes、Proteobacteria、Actinobacteria和Bacteroidetes 4个菌门为主,在土壤中以Proteobacteria,Acidobacteria和Firmicutes 3个菌门为主。在属水平,各组具有不同的优势物种,在组FM（鲜鸡粪）、FC（一次发酵）、SC（二次发酵）、Pd（有机肥成品）、FS（施肥土壤）和CS（未施肥土壤）中,相对丰度最高的分别为Bacteroides（12.9%）、Pseudomonas（7.9%）和Ignatzschineria（7.9%）、Paucisalibacillus（6.8%）、Halomonas（14.3%）、unidentifiedAcidobacteria（1.6%）和Sphingomonas（1.6%）。共发现10个潜在病原菌属和10个潜在益生菌属,随堆肥过程变化,潜在病原菌属的相对丰度从37.2%降至3.4%,益生菌从5.8%升至7.1%。施肥后,土壤中病原菌降低至0.91%。同一重金属在堆肥过程中浓度呈波动变化,与组FM相比,所有检测重金属的浓度在堆肥发酵后均显著上升（p<0.05）。在土壤中,除镉（Cd）外,重金属含量在施肥前后无显著变化（p>0.05）,与组Pd中重金属浓度相比,砷（As）、铬（Cr）、镍（Ni）和铅（Pb）在土壤中浓度较高,锌（Zn）和铜（Cu）在土壤中浓度较低。在组FM（鲜鸡粪）,不同抗生素的浓度差异较大,其中磺胺嘧啶（SDZ）浓度最高（10.98 mg/kg）,恩诺沙星（ENR）浓度最低（0.05 mg/kg）。经堆肥发酵后,抗生素均有效降解,其中氧氟沙星（OFL）、ENR、土霉素（OTC）在组Pd中显著低于组FM（p<0.05）,SDZ和强力霉素（DC）在组Pd中的浓度都低于检测限。在土壤样品中,抗生素SDZ、DC和OTC的浓度均低于检测限,ENR和氨苄西林（AMP）含量在施肥后显著高于施肥前（p<0.05）。在堆肥过程中,样品中pH值、全钾（TK）和全磷（TP）含量逐渐上升,并在堆肥后（组Pd）显著升高（p<0.05）,有机质（OM）和全氮（TN）含量在堆肥过程中呈波动变化,并且都在堆肥后（组Pd）显著下降（p<0.05）。施肥后,土壤中TN含量上升了0.05 g/kg、TK和TP含量显著上升至14.98 g/kg和1.59 g/kg（p<0.05）。整体来看,各类耐药基因在组FM中检出率较高,为50%-100%,此外,堆肥对四环素类耐药基因的削减作用较大,堆肥后未检出基因。qPCR结果显示,基因ermB和aac（6’）-Ib-cr的相对丰度在组Pd中显著下降（p<0.05）,基因blaCTX-M在组Pd中低于检测限,而基因sul1和tetM的相对丰度在堆肥后增加。在土壤中,基因aac（6’）-Ib-cr的相对丰度低于检测限,而基因sul1、ermB和tetM的相对丰度在施肥后显著下降（p<0.05）。对环境因子与菌群的相关性进行分析,结果显示菌群α多样性与重金属和养分指标显著相关（p<0.05）。CCA分析表明重金属是影响菌群结构的主要环境因子。VPA分析显示重金属对菌群分布的的解释量最大（54.75%）,其次为抗生素（46.04%）和养分（33.87%）,三者对菌群分布的共同解释量为7.67%。此外,菌属Psychrobacter、Atopostipes和Corynebacterium1同时与抗生素、重金属、养分和抗生素耐药基因有显著正相关性,以上菌属可能为耐药基因的宿主菌,与耐药基因的富集有关。结果表明,鸡粪经堆肥后可降低抗生素残留、病原菌以及耐药基因相对丰度,但抗生素及耐药基未完全消减。施用发酵鸡粪有机肥可有效抑制土壤中病原菌、降低抗生素耐药基因的丰度,同时促进土壤中益生菌的生长及养分的积累。相关性研究表明养分、重金属和抗生素可直接或间接影响菌群中耐药基因的水平,同时菌群结构变化也可影响耐药基因的水平。