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近年来，中国食品安全事故频频发生，这不仅损害人民群众的生命健康，而且危及国家公共安全大局。食品安全事故的频繁发生反映了中国食品安全监管机制存在漏洞。根据2009年审议通过的《中国人民共和国食品安全法》，目前中国实行的是以国务院食品安全委员会和卫生部作为协调机构，农业、质检、工商、食品药品监督管理等多部门分工合作，地方政府负总责的食品安全分段监管体制。分段监管的本意是将食品安全监管细化，明确各个部门的职责，使得食品制造各个环节都能得到相应的管理与指导。但在实际运作过程中，多元监管主体之间缺乏协同，重复监管及监管缺位现象突出，大大降低了政府效能，损害了政府形象。协同政府理论为我们研究食品安全监管的跨部门协作机制提供了一个良好的视角。20世纪90年代起，为了应对新公共管理模式造成的公共服务困境以及日益复杂的社会问题，西方各国相继开展了以跨部门协作为主要内容的协同政府改革，其主要做法包括决策统一、目标整合、资源共享、联合预算、政策和执行的协同、文化融合、公务员协同意识的培养以及协同评估。在食品安全监管领域，无论是美国分散的多机构监管模式，丹麦的单一机构监管模式，还是爱尔兰的综合监管模式，都非常关注食品安全监管部门之间的协调合作，主要通过部门整合、成立权威的协调性机构、签订协议建立权责分明的伙伴关系以及引导社会力量参与监督等方式加强跨部门合作。
结合我国实际情况来看，需要从标准、结构、执行和监督层面进行改进，加强不同部门之间、不同层级政府之间的协调力度，以构建中国食品安全监管的跨部门协作机制。主要包括：标准层面加强食品安全法律法规的协调性并完善食品安全标准体系建设；结构层面要强化食品安全委员会的决策核心和综合协调性作用，进一步明确部门分工和关注地方食品安全监管中的跨界合作；执行层面要通过签订服务协议的方式来加强食品安全监管部门之间的合作，并通过信息网络建设实现食品安全监管部门、地区之间的资源共享；监督层面则要引入社会力量参与食品安全监管，并实行对监管部门的监管。