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生态建设补偿机制是以保护生态环境和促进人与生态环境和谐发展为目的，通过政府方式和市场方式调节生态环境建设相关主体关系，消除由于建设保护生态环境带来的外部性的制度安排。西部地区生态环境问题突出，表现在植被衰退、土地退化没有得到根本性控制；生态系统的调节功能和生物多样性维持功能等服务功能下降；等等。导致生态环境问题的原因很多，缺乏有效的生态建设补偿机制是其中的主要因素。因此，研究西部地区生态建设补偿机制具有重要的现实意义。
本文在对生态建设补偿机制进行理论分析的基础上，评析了现行西部地区生态建设补偿机制及问题，通过分析补偿原则、补偿相关主体、补偿标准、补偿方式和监管评价体系，重构了西部地区生态建设补偿机制，并对邛崃市进行了实证分析。基本研究结论如下：
(1)当前西部地区生态环境建设中，国家是唯一的补偿投入主体，而中部和东部受益地区补偿主体缺位，从而给国家财政带来了巨大压力，也影响了补偿机制运作的可持续性。因此，补偿投入应在中央政府、区域政府和生态建设地区的政府之间进行合理分摊，真正实现“受益者付费”和“建设者和受损者得到补偿”等补偿原则。
(2)目前西部地区的生态建设补偿标准比较单一，基本上采用“一刀切”的政策。补偿标准的制定缺乏科学依据，没能做到因地制宜，致使在执行过程中出现了补偿不足和补偿过高并存的现象，导致区域不平衡等问题。生态建设补偿标准的制定应以西部地区生态建设补偿机制的目的为依据，在划分不同补偿类型地区的基础上，根据生态建设成本体系确定补偿标准底限，然后由当地政府根据本地的社会经济情况确定执行的补偿标准。
(3)补偿主体的多元性和补偿对象的需求多样性决定了补偿方式应该多样化。然而，目前西部地区生态建设补偿方式主要是资金补偿和实物补偿，农户的发展需求没有得到满足，影响了其生态建设的积极性。对邛崃市80户农户退耕行为的实证分析显示，生态建设地区的政府和协会提供技术指导和科技扶持以及当地加工企业的相关作用能对生态建设主体起到激励作用。因此，补偿方式应采取直接补偿和间接补偿相结合，培养生态建设主体和建设地区自我发展的能力。同时，中央补偿和地方补偿相结合，中央政府加大财政转移支付力度，地方政府则应积极建立自补机制；政府补偿和民间补偿相结合，以广泛吸纳民间资本，缓解各级政府的财政压力，保证生态建设的持续性。
(4)西部地区生态建设补偿机制缺乏有效的监管和评估体系，影响了补偿机制实施的公正性和有效性。因此，应逐步健全生态补偿立法，建立社会化的生态补偿政策监管和评估机构队伍，从经济效益、社会效益和生态效益对补偿机制进行监测和评估，完善补偿机制的相关配套制度。