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国库集中支付制度实现了资金支出的决策者和办理者分离，克服了高校资金支付的无计划性，确保了“专款专用”原则的有效性，上级财政部门从原来的事后监督转变为事前监督，有利于其对高校的资金实施动态监督，降低了高校私自设立“小金库”的风险，保证财政资金按照预算支出用途开支，增加了财政资金使用的透明性，减少资金随意被转移、挤占的情况，从源头上杜绝腐败现象的出现。随着高等教育事业的快速发展和教育质量保障体系的日渐完善，财政资金已经不再是高校的唯一资金来源，非国库资金在高校中的比例也越来越大，高校对于非国库资金管理趋同于分散性支付模式，两种不同管理模式并存下的问题日益突出，如何妥善管理非国库资金，完善高校资金支付制度的建设，以更好地适应高校的发展。 本文运用经济学等基本理论，通过对国内外文献的阅读分析，基于国库集中支付背景下，对S高校资金支付制度的案例进行分析，在公共财政等理论框架下探讨管理非国库资金的新模式，构建S高校综合财务信息平台系统，建立精细化预算方案体系，优化报账流程及标准化建设，使得国库集中支付制度更好地适应高校的长期发展，通过实现全方位资金管理制度，减少非国库资金被挤占现象的出现，从理论上和实践上降低财务风险和提高资金的管理效益，更好地优化高校资金的财务管理。同时，也能为国库集中支付在其他高校的实施的理论研究和实务工作提供参考，对非国库资金的管理起到借鉴意义，更好地推行国库集中支付制度在高校中的施行。