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巴山松的分类地位迄今仍未明确，为了明晰巴山松与其近缘种的亲缘关系以及掌握巴山松、油松不同地区居群间和居群内的遗传多样性水平，我们引入进化生物学理论，重新设计了针叶解剖结构的测量和计算方法，并运用统计学的办法，对巴山松、油松、马尾松、黄山松、云南松这五种亲缘关系相近松树的36个居群500多个个体的20项针叶解剖结构特征指标进行测量、计算和筛选。对五种松树的14个典型居群进行了方差分析和聚类分析，又对巴山松、油松的31个群体进行了亲缘关系和解剖结构多样性等分析。结果表明：这五种松树具有较高的多样性水平；前两者与后三者的树脂道在针叶中分布的位置和数量上有着各自的特征，可以作为分类学依据；巴山松和油松具有极相似的结构特征和较近的亲缘关系，且无论在居群内还是居群间均具有很高的多样性水平，居群内多样性水平略高于居群间。此外二者解剖特征相互交错，难以从解剖结构上区分。巴山松、油松作为优良的经济树种，其天然林具有丰富的遗传多样性，是宝贵的种质资源库，应很好的加以保护和利用。