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猕猴(Macaca mulatta)，又称恒河猴。现今猕猴已呈明显的岛屿化分布，其生存受到威胁，被列为国家Ⅱ级重点保护野生动物和野生动植物种国际贸易公约(CITES)附录Ⅱ。南湾猕猴分布在海南省南湾半岛上，是与外界基本隔绝的一个猕猴种群，为了更为合理的保护南湾猕猴种群，利用分子生物学技术对其遗传多样性进行了研究。
在南湾选取5个猴群(包括3个半驯化猴群和2个完全野生猴群)，探索采用非损伤取样法开展猕猴种群遗传多样性研究，共采集48个粪便样品，建立了粪样预处理、保存和分析方法。
在此基础上，选用mtDNA控制区和微卫星分子标记，对南湾猕猴种群的遗传多样性进行比较分析，结果显示：
(1)在粪样品采集过程中，由于南湾植被为茂密的灌木丛林，仅采用常规的跟踪取样法根本无法实现，本研究对跟踪取样法加以改进，辅以食物引诱法，取得较好的效果。对于同一个体避免重复取样，是通过区分猴群、个体年龄及性别，并且在同一时间采集的粪便样品等方式来排除重复取样。
(2)通过对38个南湾猕猴成功提取DNA粪便样品的mtDNA控制区和选择15对人的微卫星引物(经筛选适合非人灵长类)进行扩增，控制区扩增长度约1000bp，其成功率达79，2％，处在可以接受的范围；微卫星扩增成功率为13.3％，是处在一个比较低的水平，造成如此低成功率的可能原因有：①核DNA的浓度较低；②引物的特异性不强。
(3)通过对40条南湾猕猴mtDNA控制区序列比对分析，发现仅有1个多态信息位点，共定义了2种单倍型，核苷酸多样性为0.00026，通过和其他的猕猴种群进行比较后发现，南湾猕猴种群遗传多样性处在一个非常低的水平，微卫星的两个位点也表明南湾猴的遗传多样性水平不高。
(4)通过比较发现，南湾猕猴遗传多样性如此低的原因可能是由于在短期内发生过瓶颈效应的结果。