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大叶石上莲(Oreocharis benthamii)包括大叶石上莲(0.benthamii var.benthamii)和石上莲(0.benthamii var.reticulata)两个变种。先前的调查发现两变种形态相似，具有重叠的分布区域。两变种是否存在隔离机制，形态结构上有无分化，居群遗传结构是否相同呢?为了解答这些问题，我们对两变种的传粉生物学特性和花器官形态进行了野外观察和实验，并对4个大叶石上莲居群和3个石上莲居群共127份样本进行了ISSR遗传多样性分析。主要结果如下： 1.两变种的开花物候、开花生物学特性、访花昆虫种类及访花行为基本一致，繁育系统均为混合交配系统，杂交可以结实，虽然花寿命、雌雄资源配置、花器官形态存在一定分化，但对交配系统影响较小，两变种可能不存在生殖隔离； 2.两变种内自交率较高，居群间基因流微弱，遗传分化明显，变种间遗传结构高度相似，表现出密切的亲缘关系，且聚类分析不能将两变种明显区分，造成这种结果的原因可能是高频率的自交以及基因交流受限导致居群间发生分化，而变种的基因组仍有很多是相同的。 因此，从繁育系统的角度看，大叶石上莲和石上莲在变种水平上不存在明显分化。两变种能各自稳定存在可能与其较高频率的自交以及花粉、种子的散布受限有关。