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本研究以我国辽宁地区刀鲚(Coilia nasus)为主要研究对象,以太湖群体刀鲚做对照。从形态学、肌肉生化组成和分子遗传三个层次,由浅入深的对辽河群体、大洋河群体和鸭绿江群体刀鲚的遗传多样性做了较为全面的研究。研究结果主要如下:(1)通过统计传统可量性状数据和框架测量数据共40个比例参数研究了大洋河群体(DYH)、鸭绿江群体(YLJ)和太湖群体(TH)形态差异。通过软件使用主成分分析、聚类分析和判别分析三种多元分析方法,发现不同群体刀鲚形态存在差异。主成分分析表明3个群体刀鲚形态差异发生在背鳍以后的尾部。判别分析建立的判别函数对群体内判别准确率均为100%,群体间综合判别准确率为96.74%,能有效判别各群体刀鲚归属。聚类分析将鸭绿江和太湖群体聚为一支,说明在形态上两群体较接近。由此可知,3个群体刀鲚在不同的生长环境中形态发生了变异,主成分分析、判别分析和聚类分析方法一定程度能鉴别出它们的形态差异,判别分析能有效的将3个群体区分开。(2)本研究对框架数据加以改进,有效的增加了群体内和群体间的判别准确率。改进的刀鲚框架数据中水平隔膜长度(D13)对主成分2的贡献负荷值0.804>0.500,具有显著贡献作用;反映刀鲚身体中部厚度的参数D14-14′在判别分析中从40个参数中被筛选出来,用于构建判别函数并提升了各群体内判别准确率,使准确率高达100%,群体间判别率提升至96.74%。在框架测量法中增加了不同位置鱼体体厚的数据建立,使反映鱼体体型的框架更加全面,这是对现有框架测量法的改进,值得在其它鱼类的形态学研究中进一步研究和探讨。(3)通过生化分析法比较了辽河群体、大洋河群体、鸭绿江群体和太湖群体刀鲚在肌肉营养组成上的差异。辽河群体粗蛋白含量是辽宁地区3个群体中最低(78.10%)。辽宁地区刀鲚粗脂肪含量从高到低顺序为:辽河群体>鸭绿江群体>大洋河群体,三者间相互差异显著(P<0.05)。鸭绿江群体刀鲚灰分含量最小(3.76%),其它3个群体灰分含量较高,三者之间差异不显著(P>0.05)。鸭绿江群体刀鲚的饱和脂肪酸(SFA)和多不饱和脂肪酸和(PUFA)是辽宁地区群体中含量最高的,其EPA+DHA含量是4个群体中最高的,且均差异显著(P<0.05)。鸭绿江群体刀鲚肌肉中总氨基酸(TAA)、总必需氨基酸(TEAA)和总呈鲜味氨基酸(TDAA)含量均显著低于太湖群体,但均显著高于辽宁各群体(P<0.05)。以AAS评数分析,缬氨酸(val)和半胱氨酸+甲硫氨酸(Met+Cys)是4个群体的第一、二限制氨基酸。以CS评分分析,4个群体第一限制氨基酸均为半胱氨酸+甲硫氨酸(Met+Cys),第二限制氨基酸大洋河群体为异亮氨酸(Ile),其它3个群体为缬氨酸(Val)。必需氨基酸指数(EAAI)中鸭绿江群体和大洋河群体是辽宁地区中较高的,分别为75.03%和74.87%,两者间差异不显著(P>0.05)。(4)应用线粒体基因测序法,获得了辽河、大洋河、鸭绿江和太湖4个地理群体34尾刀鲚的mt DNA D-loop区域部分基因序列(长度为489bp),分析了4个群体刀鲚的遗传多样性和遗传结构。结果显示,辽河群体、大洋河群体和鸭绿江群体刀鲚的单倍型多样性指数分别为0.85700、0.84400和0.85700,核苷酸多样性指数分别为0.00263、0.00318和0.00351,都明显高于太湖群体刀鲚0.41700和0.00091。鸭绿江群体的Tajima′s D值为-1.76179,显著偏离中性(P<0.05),其历史上可能经历过种群扩张。4个群体间的遗传距离范围为0.00177~0.00323,明显低于刀鲚与七丝鲚(Coilia grayi)种间的遗传距离0.0528。Fst值为0.00543<0.05,说明4个群体间未发生分化。以NJ和MP两方法构建的分子系统分支树结果支持4个群体刀鲚间未发生分化这一结果。实验结果表明,辽河群体、大洋河群体、鸭绿江群体和太湖群体4个群体间未发生遗传分化,辽宁地区刀鲚的遗传多样性较太湖群体丰富,其中鸭绿江群体遗传多样性最丰富。