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真菌资源作为天然产物来源的重要生物资源,在研究与开发药用价值的先导化合物方面日益受到科研人员的重视。为了从真菌中筛选出结构新颖且活性显著的模式结构分子,本论文对一株药用植物巴戟天来源的内生真菌Trichoderma koningiopsis A729和两株海洋来源的真菌Phomopsis tersa FS441和Trichobotrys effuse FS524的次级代谢产物进行系统且深入的研究。通过正、反相硅胶柱、凝胶柱、高效液相等多种色谱技术对该三株真菌的发酵产物进行分离纯化,并通过核磁、高分辨质谱、红外、紫外、旋光、CD、单晶衍射等多种波谱方法来确定化合物的平面结构和绝对构型。共分离鉴定49个化合物,其中涵盖4类新骨架,27个新化合物,4对新对映异构体,2个新天然产物。结构类型主要涉及二萜、倍半萜、杂萜、降甾醇、吡啶酮生物碱和苯酚衍生物。在结构特点上,从内生真菌T.koningiopsis A729分离得到的代谢产物中,化合物A1和A2都是具有guanacastane骨架的二萜生物碱,不同的是化合物A2是自然界少有的6/7/5/5/7五环环系的生物碱,而化合物A3具有独特高度稠合的4/7/5/6四环环系形成的螺旋骨架。而在海洋真菌P.tersa FS441的代谢产物中,化合物B1属于由高度稠合6/6/11/6/5/5环系统组成的对流性倍半萜杂萜的首次报道,化合物B2具有不寻常的7/6/11/6-5螺旋核心骨架,而化合物B3和B4是具有高度稠合的6/6/6/6四环系统的酚倍半萜杂萜的第一个实例。另外,化合物B5是一种新颖的降甾醇,具有不寻常的6/5-5三环骨架。化合物B6-B8和B10鉴定为4对具有天然罕见的6-6/5/5环系统的苯基呋喃啶酮外消旋体,而化合物B9则为一对具有6-6/6环系统的苯基吡啶酮外消旋体。此外,化合物B12代表了具有新颖的呋喃[3,2-c]pyridin-4（5H）-酮骨架的5-苯基吡啶酮衍生物的第一个成员。在海洋真菌T.effuse FS524的代谢产物中,化合物C1和C2都有一个独特的6-6/6/6四环系统,并形成了独特的多取代9-苯基-六氢蒽酮骨架,该骨架普遍作为活性特征片段存在于药物分子中,但是很少在天然产物中发现。通过SRB法测试了化合物A1-A10、B1-B18、B20、B22-B23和C1-C6的细胞毒活性,通过标准微量稀释法测试了化合物A1-A2、A4-A6、A9-A10和B6-B12的抗菌活性,以及采用Griess法测试了化合物C1-C6对脂多糖（LPS）诱导的RAW 246.7小鼠巨噬细胞中一氧化氮（NO）产生的抑制活性。细胞毒实验结果表明,新化合物B2对四株肿瘤细胞株表现出显著的抗增殖作用,IC50值为0.50-1.30μM,优于阳性对照阿霉素（1.10-1.50μM）;化合物B1、B3-B4和B10b显示出对四种肿瘤细胞系的中等抑制活性。抗菌活性结果表明,新化合物A1和A2对枯草芽孢杆菌具有显著的抗菌活性,MIC值分别为10和2μg/mL;化合物B10a和B10b对金黄色葡萄球菌具有中等抑菌活性。NO抑制活性结果表明,新化合物C3和C4在LPS诱导的RAW 264.7巨噬细胞中显示出中等的NO抑制活性。通过对一株内生真菌和两株海洋真菌次级代谢产物的研究,分离鉴定了三类高度稠合的新骨架杂萜、一类高度氧化的新骨架降甾醇以及一系列多环系统的二萜生物碱、吡啶酮生物碱和高度取代的苯酚衍生物,并从中筛选出具有显著抗枯草芽孢杆菌活性和强效肿瘤细胞毒活性的分子。本论文不仅丰富了植物内生真菌和海洋真菌次级代谢产物的结构多样性,而且为新药研究与开发提供重要的模式结构和药物前体,为今后开发具有我国自主知识产权的创新药物奠定重要的物质基础。