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大亚湾是我国南海北部典型的半封闭性海湾,因其自然条件优越、饵料丰富,栖息的鱼类种类繁多,是多种经济鱼类无可替代的产卵场、育幼场和索饵场。本研究首先结合历年来大亚湾生态系统环境与资源状况,分析了大亚湾生态系统历年的变化状况;以大亚湾南部渔业资源与环境调查数据为基础,研究了大亚湾鱼类资源的种类组成、物种多样性和资源量及其年际变化,分析大亚湾鱼类资源群落变化趋势,利用Ecopath with Ecosim6.5(EwE)软件构建大亚湾生态通道模型,分析大亚湾的生态系统结构功能和能量流动过程,评估黑鲷、黄鳍鲷、黄斑篮子鱼、斑节对虾、三疣梭子蟹在大亚湾的生态容量,旨在优化大亚湾的增殖放流策略,为渔业的可持续发展提供科学依据和指导性建议。本研究的主要研究结果如下:(1)大亚湾浮游植物种类丰富,1985年~2012年大亚湾浮游植物种类数呈现显著的下降趋势,硅藻种类数占百分比总体上亦呈现下降趋势,而甲藻种类数占百分比总体上则呈现上升趋势。大亚湾浮游植物多样性先从1990年逐年下降,到2012年又呈上升状态。(2)大亚湾浮游动物桡足类种类数占总种类数的45.15%,优势种的更替十分明显,主要具有以下特点:历年均出现的优势种有中华哲水蚤、红纺锤水蚤、鸟喙尖头溞;1985年优势种有短尾类和长尾类幼体在往后调查中均不是优势种;从2007年开始夜光虫已成为大亚湾浮游动物优势种且优势地位显著。(3)历年大亚湾底栖动物种类数差异较大,总体上总物种数呈现上升趋势,软体动物种类数所占比例从1985年的67.97%下降到2016年的27%,相反,多毛类种类数则从10.94%上升到2013年的55.9%和2016年的396%。粗帝汶蛤自2004年均为大亚湾底栖动物优势种且优势地位显著,奇异稚齿虫自2013年后均为优势种,优势种叶须内卷齿蚕、丝鳃稚齿虫更替出现。大亚湾底栖动物丰度和生物量整体上均呈现出下降的趋势。(4)大亚湾鱼类优势种自1985年到2015年发生了较明显的更替,上世纪优势种主要以裘氏小沙丁鱼、斑鰶、丽叶鰺、乳香鱼、前鳞鲻、真鲷、平鲷、鲳科、带鱼等体质量较大的经济价值较高的鱼类为主,除了斑鰶仍为优势种外,其他优势种均逐渐被二长棘鲷、鰏科、细线天竺鲷、小公鱼属等小型、经济价值较低的鱼类所取代。(5)4个航次共鉴定出鱼类物种113种,隶属10目49科81属,均属硬骨鱼纲,其中鲈形目种类数最多,共有25属64种,占总种类数的56.64%,次之为鲽形目共有5科9属12种,占种类数的10.62%,鳗鲡目6科7属9种,占种类数的7.96%,鲱形目和鮋形目均分别有7种,占种类数的6.19%,其他鱼类种类数较少。年平均鱼类资源质量密度为575.02kg/km~2,年平均鱼类资源尾数密度为45735.39ind/km~2,优势种为短吻鲾、二长棘鲷、黄鳍马面鲀、中线天竺鲷、勒氏短须石首鱼、细条天竺鱼和拟矛尾虾虎鱼,大亚湾鱼类多样性指数H’年平均值为2.48,均匀度指数J’年平均值为0.65,鱼类平均体质量为7.36g/尾。(6)大亚湾Ecopath模型共划分30个功能组,功能组的营养转化效率在0.09~0.975之间,生态系统的营养级(Trophic level)范围为1~3.95,黑鲷的营养级为3.50,营养转化效率较低,为0.291;黄鳍鲷的营养级为3.25,营养转化效率0.343;黄斑篮子鱼的营养级为2.38,营养转化效率0.0.285;斑节对虾的营养级为2.67,营养转化效率0.276;三疣梭子蟹的营养级为2.72,营养转化效率0.216。系统总转化效率为7.808%,总初级生产量/总呼吸量为2.142,系统连接指数为0.310,系统杂食性指数为0.210,表明系统各营养级转化效率较低,能量未被充分利用;系统总转化效率低于10%,营养级I、II流向碎屑量占总流向碎屑量的98.08%,说明能量传递发生阻塞,具有增殖空间。经评估大亚湾黑鲷的生态容量为0.034 t/km2,黄鳍鲷的生态容量为0.084 t/km2,黄斑篮子鱼的生态容量为0.05 t/km2,斑节对虾的生态容量为1.48 t/km2,三疣梭子蟹的生态容量为0.88t/km2。结合黑鲷自然死亡系数、总死亡系数和残存率,计算得出当黑鲷在0~1龄时同时有捕食死亡和自然死亡时,建议放流尾数为309.58万尾;当黑鲷在0~1龄时只有自然死亡时,放流尾数为218.38万尾。