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两栖动物在全球范围内的衰减已经是一个无可辩驳的事实。认清衰减原因，采取相应的保护措施以防止形势的绻续恶化是当前两栖动物保护的核心问题。迄今为止，研究认为两栖动物的大范围衰减主要与栖息地破坏、环境污染、疾病、过度利用、生物入侵和气候变化有关。然而，仍然有很多其它的造成这种衰减的原因未能探明。研究这些深层次的原因显然成为了一个挑战。
镇海棘螈Echinotriton chinhaiensis隶属于两栖纲Amphibia，有尾目Urodela，蝾螈科Salamandridae，棘螈属Echinotriton，其种群数量稀少，为我国特有、极度濒危的两栖动物。由于长期的人类活动影响，该螈面临着严重的栖息地和繁殖场所丧失和片段化问题，其种群数量持续下降。
有研究揭示物种的生活史特征可能会增加它们在当前环境下的灭绝风险，因此对保护物种生活史的了解有助于保护和管理。为了深入了解镇海棘螈的生活史策略，并为寻找其濒危的深层次原因提供线索，本论文对镇海棘螈瑞岩寺雌性繁殖种群的年龄结构、生长和繁殖力之间的关系进行了研究。
微卫星分子标记在种群遗传学和保护生物学中应用广泛，对于准确评估濒危物种的致危因素和了解濒危种群在遗传水平上的多样性和结构有重要的作用。然而对于一些没有被相应报道过的物种，其微卫星分子标记大多需要从头筛选。对镇海棘螈开展种群遗传尺度的保护研究十分迫切，因此本论文通过基于AFLP的微卫星位点快速分离技术，开展了镇海棘螈多态性微卫星位点的筛选。
为探明镇海棘螈野外种群的遗传濒危现状，通过野外采样和室内实验，利用筛选得到的多态性微卫星标记对镇海棘螈瑞岩寺种群和东钱湖种群的遗传多样性和遗传结构进行了研究。
为了验证筛选得到的微卫星位点在近缘种的保守性和通用性，用所选多态性位点在两种疵螈属物种文县疣螈（Tylototriton wenxianensis）和细痣疣螈（Tylototriton asprrimus）中进行了初步检测。
主要结论如下：
1．对镇海棘螈瑞岩寺雌性繁殖群体进行了野外观察和骨龄学切片法年龄鉴定，
结合统计分析发现镇海棘螈大部分雌性繁殖个体集中于5龄和6龄，其性成熟年龄为3龄，年平均窝卵数为66.00枚，过长的性成熟时间与较低的繁殖力可能是其濒危的生活史原因。
2．使用基于AFLP的微卫星位点快速分离技术(FIASCO)，首次获得了镇海棘螈的15个具高度多态性微卫星位点( CIBEC-01～CIBEC-15)，并确定了其最适反应条件，为进一步的遗传结构和保护生物学研究提供了新的遗传标记。
3．采用15个多态性微卫星位点对镇海棘螈瑞岩寺和东钱湖2个野外种群62个个体进行了种群遗传分析。研究发现15个位点的平均多态信息量(PIC)为0.665，平均等位基因数（NA)为7.27，平均期望杂合度与观测杂合度分别为0.722和0.596，5个位点显著偏离哈迪．温伯格平衡(P<0.01)，证实镇海棘螈野外种群遗传多样性仍很丰富，但近亲交配的情况很有可能在一定程度上存在；LAM模型模拟下两个种群均表现出显著杂合度过剩(P0.5)；且文县疣螈和细痣疣螈平均每1.74和1.37个个体拥有一个新等位基因，超过镇海棘螈（8.53个体/等位基因）。实验证明开发的部分微卫星位点可以作为理想的分子标记在近缘类群疣螈属物种中应用。