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从山东省寿光市和济宁市不同地区的番茄蔬菜大棚中采集11个番茄根际土壤样品，通过培养总共获得2892个细菌分离物。通过平板对峙法，以番茄灰霉病病原菌（Botrytiscinerea）为靶标菌，获得了168株番茄根际灰霉病拮抗菌。其中有34株拮抗菌具有高效稳定的拮抗作用，生防潜力很大。采用16S-RFLP，BOXAIR-PCR，16S rDNA全序列测序分析研究了168株番茄灰霉病拮抗菌的遗传多样性和系统发育，初步确定了拮抗菌的分类地位。BOXAIR-PCR聚类分析表明168株拮抗菌在87%的相似性水平上被分为33个群。其中包括两个大群，15和19；16个小群和14个由单菌株形成的群，聚类的结果与地域性没有任何联系。BOXAIR-PCR基因指纹图谱和聚类分析结果表明了这些拮抗菌具有丰富的遗传多样性。16S-RFLP分析结果在91.5%的相似性水平上将168株番茄灰霉病拮抗菌分为28个群，群3，4，5，10，12，14，15，16，17，18，19，21，23，25，26和28每一个群都包含单一的菌株。群6和13为两个大群。依据16S-RFLP, BOXAIR-PCR的聚类结果，从每个群中选出代表菌株做16S rDNA测序，并且在NCBI上检索序列的相似度并找出模式菌株。构建系统发育树结果表明，66株代表菌株来自于14个不同属的26个不同的种。Bacillus，Pseudomonas，Alcaligenes为优势属，分别有126，10，10个菌株。Pseudomonas，Bacillus，Streptomyces这三个分别至少包含3，8，5个不同的种。168株番茄灰霉病拮抗菌中革兰氏阳性菌占79.2%，而革兰氏阴性菌只20.8%。在所有的番茄灰霉病拮抗菌中有20.8%的拮抗菌对番茄灰霉病病原菌有较强的抑制效果。首次发现蜂类芽孢杆菌（Paenibacillus apiarius）、雷氏普罗维登斯菌（Providenciarettgeri）、缓慢葡萄球菌（Staphylococcus lentus)、苜蓿中华根瘤菌（Sinorhizobium meliloti）、节杆菌（Arthrobacter arilaiti）、分产碱杆菌（Alcaligenes faecalis）、拟香味类香味菌（Myroides odoratimimus）、类短小芽孢杆菌（Brevibacillus parabrevis）、不动杆菌（Acinetobacter sp）、Tetrathiobacter mimigardensis对番茄灰霉病病原菌具有抑制作用。