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芽休眠的调控是一个复杂的过程，在休眠的诱导、形成、保持、解除、恢复生长的过程中由多种因素共同调控，不同物种芽休眠的调控因素也不同。目前芽休眠的研究以落叶树为主，而热带常绿树种的芽休眠研究较少。根据荔枝（Litchi chinensis Sonn.）芽在生长-休眠的发育循环中芽的形态特征，我们将荔枝芽分为四个不同的状态：休眠芽（S1）、萌动芽（S2）、快速生长芽（S3）、生长停滞芽（S4）。本研究从芽调控的生理因素、转录组、蛋白组、分子调控等几方面对荔枝芽发育循环展开研究，主要研究结果如下：
对荔枝顶芽进行遮阴处理能显著抑制顶芽的休眠解除，维持芽的休眠状态，表明芽萌动受到光照直接调控。进一步从荔枝克隆了4个光敏色素基因LcPHYA、LcPHYB、LcPHYC、LcPHYE，均在荔枝芽休眠和生长停滞时表达量高，在萌动期和快速生长期表达低。而遮阴处理下，4个光敏色素的表达量升高且高于对照组。
荔枝新梢生长呈“S”型。部分叶片摘除不推迟芽的休眠，对新梢的节位数也没有影响，但新梢的总长度和节间长度变短；而将新梢上新叶持续全部摘除，芽推迟进入休眠状态，新梢的节位数也增加，但节间长度缩短。实验表明，新叶对节间伸长有重要作用，而且生长中的新叶对顶芽的持续生长起抑制作用。
外源细胞分裂素可以促进荔枝顶芽萌动，但对已经萌动的芽继续处理外源细胞分裂素反而显著抑制芽的生长，促进侧芽发生。因此，细胞分裂素对萌芽表现正效应，而对萌芽后的芽生长起抑制作用。
利用RNA-seq技术系统分析?妃子笑?荔枝4个不同状态的芽基因表达，4个荔枝样品测序共组装到59999个unigenes，40119个unigenes得到注释。在Nr、Swiss-Prot、COG、KEGG四个公共数据中都有注释的unigenes有9468个。S1与S2、S2与S3、S3与S4、S4与S1的差异基因分别为24080个、9481个、15838个、15968个，对阶段转变时上调和下调的基因分别进行GO功能富集，证明休眠的进入和解除可能涉及表观遗传调控。荔枝芽4个不同状态的差异表达的基因趋势分析分为26种，显著富集的趋势有9种，富集到激素信号转导、碳水化合物代谢、氧化还原酶、细胞周期、生物钟等途径。利用主成分分析，找到了17个主效基因，大多数在芽休眠和生长停滞中上调表达，多与营养储备和抗逆相关。对其中8个基因的表达量进行Real-time qPCR分析，表达趋势与转录组测序获得的基因表达趋势相似，两种分析的相对基因表达量具有显著的线性相关性。
Dormancy-asscoiated MADS-BOX genes（DAM基因）基因是一类休眠相关基因，DAM基因属于MADS-BOX的SVP亚族。从荔枝中克隆到3个SVP类基因：LcSVP1、LcSVP2、LcSVP3，它们都具有典型的MADS-BOX蛋白功能域，与龙眼SVP亲缘关系最近。它们在不同组织中都有表达，其中，LcSVP1、LcSVP2在成熟叶中表达量最高，LcSVP3在嫩叶中表达量最高，三者均在花器官中表达量均比较低。LcSVP1、LcSVP2的表达变化与芽休眠一致，在休眠芽和生长停滞芽中表达量高，在萌动芽和快速生长芽中表达量低。LcSVPs的启动子区域具有多个光调控的顺式元件，但对荔枝休眠芽（S1）进行遮阴处理，LcSVP2的表达上升，对LcSVP1表达无显著影响。利用VIGS技术沉默LcSVP2的荔枝芽生长期延长，休眠推迟，节位数增多，且伴随LcFT2表达量明显提高。LcSVP1、LcSVP2都定位在细胞核中。LcSVP1、LcSVP2转烟草进行转录活性分析，结果表明LcSVP1、LcSVP2均为转录抑制调控的转录因子。
利用iTraq技术对?妃子笑?荔枝4个不同状态的芽蛋白含量分析，荔枝芽鉴定的蛋白质（Protein）数量为3999个，荔枝芽蛋白组注释到KEGG pathway的蛋白数为1181个。S1与S2、S2与S3、S3与S4、S4与S1分别有306、294、371、165个差异蛋白。差异蛋白最多的为休眠芽S1与快速生长芽S3，有767个差异蛋白。而休眠芽S1与生长停滞芽S4的差异蛋白最少。荔枝芽的四个不同阶段中有含量变化的290个蛋白分为26种趋势。显著富集（P-Value<0.05）的趋势有5种，显著富集的pathway有黄酮类生物合成、光合作用、碳代谢等生化途径。荔枝芽转录组与蛋白组相关性较弱，显示基因转录后翻译为蛋白的过程存在大量的转录后调控。
对荔枝顶芽进行遮阴处理能显著抑制顶芽的休眠解除，维持芽的休眠状态，表明芽萌动受到光照直接调控。进一步从荔枝克隆了4个光敏色素基因LcPHYA、LcPHYB、LcPHYC、LcPHYE，均在荔枝芽休眠和生长停滞时表达量高，在萌动期和快速生长期表达低。而遮阴处理下，4个光敏色素的表达量升高且高于对照组。
荔枝新梢生长呈“S”型。部分叶片摘除不推迟芽的休眠，对新梢的节位数也没有影响，但新梢的总长度和节间长度变短；而将新梢上新叶持续全部摘除，芽推迟进入休眠状态，新梢的节位数也增加，但节间长度缩短。实验表明，新叶对节间伸长有重要作用，而且生长中的新叶对顶芽的持续生长起抑制作用。
外源细胞分裂素可以促进荔枝顶芽萌动，但对已经萌动的芽继续处理外源细胞分裂素反而显著抑制芽的生长，促进侧芽发生。因此，细胞分裂素对萌芽表现正效应，而对萌芽后的芽生长起抑制作用。
利用RNA-seq技术系统分析?妃子笑?荔枝4个不同状态的芽基因表达，4个荔枝样品测序共组装到59999个unigenes，40119个unigenes得到注释。在Nr、Swiss-Prot、COG、KEGG四个公共数据中都有注释的unigenes有9468个。S1与S2、S2与S3、S3与S4、S4与S1的差异基因分别为24080个、9481个、15838个、15968个，对阶段转变时上调和下调的基因分别进行GO功能富集，证明休眠的进入和解除可能涉及表观遗传调控。荔枝芽4个不同状态的差异表达的基因趋势分析分为26种，显著富集的趋势有9种，富集到激素信号转导、碳水化合物代谢、氧化还原酶、细胞周期、生物钟等途径。利用主成分分析，找到了17个主效基因，大多数在芽休眠和生长停滞中上调表达，多与营养储备和抗逆相关。对其中8个基因的表达量进行Real-time qPCR分析，表达趋势与转录组测序获得的基因表达趋势相似，两种分析的相对基因表达量具有显著的线性相关性。
Dormancy-asscoiated MADS-BOX genes（DAM基因）基因是一类休眠相关基因，DAM基因属于MADS-BOX的SVP亚族。从荔枝中克隆到3个SVP类基因：LcSVP1、LcSVP2、LcSVP3，它们都具有典型的MADS-BOX蛋白功能域，与龙眼SVP亲缘关系最近。它们在不同组织中都有表达，其中，LcSVP1、LcSVP2在成熟叶中表达量最高，LcSVP3在嫩叶中表达量最高，三者均在花器官中表达量均比较低。LcSVP1、LcSVP2的表达变化与芽休眠一致，在休眠芽和生长停滞芽中表达量高，在萌动芽和快速生长芽中表达量低。LcSVPs的启动子区域具有多个光调控的顺式元件，但对荔枝休眠芽（S1）进行遮阴处理，LcSVP2的表达上升，对LcSVP1表达无显著影响。利用VIGS技术沉默LcSVP2的荔枝芽生长期延长，休眠推迟，节位数增多，且伴随LcFT2表达量明显提高。LcSVP1、LcSVP2都定位在细胞核中。LcSVP1、LcSVP2转烟草进行转录活性分析，结果表明LcSVP1、LcSVP2均为转录抑制调控的转录因子。
利用iTraq技术对?妃子笑?荔枝4个不同状态的芽蛋白含量分析，荔枝芽鉴定的蛋白质（Protein）数量为3999个，荔枝芽蛋白组注释到KEGG pathway的蛋白数为1181个。S1与S2、S2与S3、S3与S4、S4与S1分别有306、294、371、165个差异蛋白。差异蛋白最多的为休眠芽S1与快速生长芽S3，有767个差异蛋白。而休眠芽S1与生长停滞芽S4的差异蛋白最少。荔枝芽的四个不同阶段中有含量变化的290个蛋白分为26种趋势。显著富集（P-Value<0.05）的趋势有5种，显著富集的pathway有黄酮类生物合成、光合作用、碳代谢等生化途径。荔枝芽转录组与蛋白组相关性较弱，显示基因转录后翻译为蛋白的过程存在大量的转录后调控。