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草鱼（Ctenophayngodon idella）属于我国特有草食性鲤科鱼类，广泛分布我国各大江河水域。作为食用淡水经济鱼类在东亚地区被广泛养殖。草鱼在渔业中占有重要地位，产量居全球鱼类第一。然而由于近亲繁殖、过度捕捞及生态环境破坏等影响，导致草鱼出现种质退化和资源衰竭的现象。种质改良和新品种培育是保护和利用草鱼种质资源，实现草鱼养殖业可持续发展的重要措施。杂交作为遗传改良的有效手段，被用于草鱼育种研究。本研究，采用长江、珠江水系种群进行种内杂交，获得一组杂交后代；并通过生长和体型比较、形态学研究及遗传结构分析三方面研究，对实验效果进行分析。主要结果如下：
1.草鱼长江和珠江种群及长江（♀）×珠江（♂）杂交一代生长及体型比较
通过对草鱼长江和珠江种群人工配组，获得了长江YY（长江♀×长江♂）、珠江ZZ（珠江♀×珠江♂）、杂交YZ（长江♀×珠江♂）3个组合，并对生长和形态数据进行测量分析。体重、体长及绝对增重率均为YZ＞ZZ＞YY，体重、体长方面，在50日龄，各组合间差异均不显著(P＞0.05)，而在170日龄，差异均极显著(P＜0.01)，绝对增重率方面YZ分别比ZZ、YY高20.00％、50.00％,YZ与ZZ差异不显著(P＞0.05),YZ与YY差异显著(P＜0.05)，YZ在体重上表现明显的超亲杂种优势(20.09％)。三组合间，体长/全长差异不显著(P＞0.05),头长/全长、体高/体长及体宽/体长差异显著(P＜0.05),YZ表现头较短、体较高、体较宽特点。YZ在生长性能和体型特征上均具有优势。
2.草鱼长江和珠江种群及长江（♀）×珠江（♂）杂交一代基于可量性状和框架参数的形态学研究
基于7个可量性状和19个框架参数，用3种多元分析方法比较草鱼长江(YY)、珠江(ZZ)及杂交(YZ)3个组合的形态差异。聚类分析结果表明，杂交组合先于珠江组合聚合，然后与长江组合聚合，说明在形态特征上，杂交组合继承了更多的父系信息。判别分析结果表明，3个组合间形态差异显著(P＜0.01)，并建立了判别函数，判别准确率为86.7～93.0％(P1)和82.4～100％(P2)。主成分分析结果表明，四个主成分贡献率为57.54％，基于两个独立的主成分建立的散点图，发现3个组合存在较大重叠。研究表明，3个组合存在形态差异，属种内差异，可通过多项参数综合判别进行辨别。
3.草鱼长江和珠江种群及长江（♀）×珠江（♂）杂交一代遗传结构的微卫星分析
用8对微卫星对草鱼长江种群和珠江种群的2个自繁组合：YY、ZZ,1个杂交组合：YZ，进行遗传多样性和遗传结构分析。8个微卫星位点的等位基因数为2～6个，并具有较好的多态性，可以用于遗传变异分析。有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态性息含量均以YZ组合最高，分别为2.8111、0.9843、0.6399、0.5598:ZZ组合最低，分别为2.6751、0.8650、0.6129、0.5283;YY组合介于两者之间。基于Neis遗传距离构建的UPGMA和NJ系统树揭示YZ组合与YY组合亲缘关系更近。组合间遗传分化分析(Fst)及AMOVA分析表明，YY组合与ZZ组合间达到中等遗传分化水平（Fst=0.0860,P＜0.01）。结果表明：杂交后代遗传变异水平显著提高，具有较高的选育潜力；长江与珠江水系草鱼存在一定程度的遗传分化。