【摘 要】
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目的：通过mRNA和1ncRNA的基因芯片,分析内皮细胞在microRNA let-7e影响下的mRNA和1ncRNA差异表达情况；运用生物信息学的相关方法,寻找显著差异表达的mRNA和1ncRNA,利用mRNA功能
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目的：通过mRNA和1ncRNA的基因芯片,分析内皮细胞在microRNA let-7e影响下的mRNA和1ncRNA差异表达情况；运用生物信息学的相关方法,寻找显著差异表达的mRNA和1ncRNA,利用mRNA功能聚类分析找出差异lncRNA的共表达基因对,预测共表达的1ncRNA的生物学功能以及参与的信号通路,构建lncRNA-let-7e-mRNA相互作用网络；为探讨let-7e在内皮细胞中的作用奠定基础。材料和方法：1培养人脐静脉内皮细胞,分为6组转染let-7e mimic、inhibitor和阴性对照,提取总RNA。通过mRNA和1ncRNA芯片,检测和分析转染let-7e的内皮细胞mRNA和lncRNA表达谱,运用倍数法筛选出let-7e mimic 和 inhibito r与阴性对照组比较存在的差异表达lncRNA和mRNA,并使用t检验的方法控制假阳性率。2针对差异性表达的mRNA,应用DAVID和WEB-based Gene Set Analysis Toolkit,得到mRNA的功能和生物学信号通路,进行基因功能聚类分析；利用pearson相关系数预测差异表达的lncRNA的共表达基因及其功能；根据相互作用关系构建lncRNA-let-7e-mRNA调控网络。结果：1. lncRNA芯片差异分析结果显示,inhibitor组和阴性对照比较存在1126个显著差异lncRNA分子,有942个差异的mRNA分子；mimic组和阴性对照比较存在819个显著差异1ncRNA分子；有621个差异的mRNA分子。2.通过共表达聚类分析和mRNA功能聚类分析,得到mRNA-lncRNA共表达对,并找到7个let-7e结合位点,发现let-7e对内皮细胞的调控通路。结论：在本研究中,我们发现let-7e与内皮细胞的很多生物学过程密切相关,如免疫炎症反应、增殖、凋亡和脂质代谢等。通过进一步构建lncRNA-let-7e-mRNA相互作用网络以及预测关键节点lncRNA生物学功能,我们发现以let-7e为核心的CeRNA网络与内皮细胞炎症反应关系密切,形成一种促炎调控网络,在以ox-LDL诱导的内皮细胞炎症反应中发挥了重要作用。
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