松辽白鹅Myf5外显子Ⅰ基因克隆与序列分析

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为提高鹅的产肉性能和改进鹅肉品质,为分子标记辅助育种工作提供参考依据。本实验以吉林省农业科学院选育的肉鹅配套系—松辽白鹅为研究对象,通过比较基因组学方法,首次克隆出松辽白鹅生长决定因子5(Myogenic Factor 5,Myf5)基因外显子Ⅰ核苷酸序列;并对Myf5基因进行了遗传变异分析,同时结合屠宰性状,分析了Myf5不同基因型与屠宰性状的相关性。结果表明:鹅Myf5基因外显子Ⅰ的核苷酸序列全长432bp,核苷酸A、T、C和G四种碱基分别占整体序列的13.99%、23.78%、28.67%和33.57%,与其它禽类相差不大;编码的143个氨基酸中Leu(19.58%)、Gly(18.88%)、Val(11.19%)和Ala(9.09%)的使用频率均较高,使用频率较低的氨基酸有Trp、Lys和Tyr,只有0.70%,其它氨基酸在2.10%-7.69%;Ala主要使用GCA, Arg使用AGG+CGC+CGU, Asp使用GAU, Gln使用CAG, His使用CAU, Pro使用CCU, Leu使用CUC, Ser使用UCU等。显示出密码子使用的非随机性,并且在密码子使用频率上与鸭的密码子使用频率的相似系数最高,达到0.965。同一基因在不同物种间密码子的使用频率不同,物种间亲缘关系近的使用频率相近。对鹅Myf5基因外显子Ⅰ编码序列与其它物种进行比较分析,鹅与哺乳动物的同源性在37.8%-38.5%,与鱼类的同源性在26.6%-39.7%,显著低于鸭和鸡。鹅与鸭的同源性为98.4%,与鸡的同源性为91.4%。实验得出Myf5基因AA、AB、BB3种基因型频率分别为0.789、0.079和0.132,AA基因型为优势基因型,等位基因A占主要优势。A、B两个等位基因,频率分别为0.829和0.171。利用PCR-SSCP技术分析了鹅Myf5基因外显子Ⅰ的多态性,结果表明在第1344处发生了单碱基的改变(A→G),第1410处发生了单碱基改变(G→C),且Myf5基因外显子Ⅰ的两个突变位点引起了氨基酸的变化,分别为(Arg-Gly)、(Gly→Arg)。研究发现不同基因型的宰前活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿肌重、翅膀重与屠宰率性状间有显著差异。基因型AA的宰前活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、翅膀重均值显著高于基因型BB(p<0.05),其中基因型AB与AA、BB个体间差异不显著;腿肌重性状上基因型BB均值显著低于基因型AA、AB(p<0.05);在半净膛率性状中,基因型AB的均值显著高于基因型AA(p<0.05);在全净膛率性状中基因型AB的均值极显著高于基因型AA(p<0.01);其它大部分生长和屠体性状无显著差异。AA基因型个体有相对高的均值,故该基因型可作为筛选部分高屠宰性状的分子标记,用于松辽白鹅的育种工作之中。
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