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目的：本研究通过探索内蒙古阿拉善右旗、阿拉善左旗、鄂尔多斯市、巴彦淖尔市、锡林郭勒盟地区的双峰驼群体MHC-DRB基因第二外显子序列多态性；分析了阿拉善双峰驼MHC-DRB基因与阴道蝇蛆病的相关性；研究了阿拉善双峰驼和苏尼特双峰驼两个品种遗传多样性,并判断其亲缘关系,旨在为以后双峰驼的抗病育种提供重要的信息。方法：(1)对内蒙古地区121峰双峰驼MHC-DRB基因外显子2进行克隆测序,用不同分析软件进行序列分析,确定多态位点、等位基因种类、氨基酸变异位点等。(2)采用PCR产物直接测序的方法检测了40峰患阴道蝇蛆病的阿拉善双峰驼和54峰未患阴道蝇蛆病的阿拉善双峰驼的MHC-DRB基因第二外显子序列,并计算了患病驼和未患病驼的基因频率和基因型频率。(3)采用PCR产物直接测序的方法检测了72峰阿拉善双峰驼和25峰苏尼特双峰驼MHC-DRB基因外显子2序列多态性；用分析软件计算97峰双峰驼序列的遗传多样性参数值,NJ法构建两品种系统发育树。结果：(1)运用分析软件检测了121峰双峰驼DRB基因第二外显子序列,共发现了225个突变位点、213个多态位点；36种等位基因；84个氨基酸中有62个变异位点,其中包括18个假定抗原结合位点。(2)通过对阿拉善双峰驼中患蝇蛆病驼和健康驼序列分析,发现都由两个不同的基因控制；健康驼有三种基因型,患病驼有两种基因型。(3)通过软件分析了72峰阿拉善双峰驼和25峰苏尼特双峰驼序列,发现阿拉善双峰驼有三种单倍型,苏尼特双峰驼有两种单倍型。(4)对93和159多态位点进行哈迪-温伯格平衡检验,发现P值均小于0.05；(5)双峰驼MHC-DRB基因序列进行Tajima’s检验,Tajima’sD值为正值,P>0.01；(6)两个双峰驼品种的MHC-DRB基因外显子2序列构建系统发育树,大多数阿拉善双峰驼聚在一支,苏尼特双峰驼聚在另一支上,也有一部分两品种双峰驼混合分布在一支上。结论：MHC-DRB基因在五个地区双峰驼群体中具有丰富的多态性；阿拉善双峰驼中患病驼和健康驼与MHC-DRB基因有一定的相关性；阿拉善双峰驼和苏尼特双峰驼MHC-DRB基因外显子2序列都存在遗传多样性,且苏尼特双峰驼的遗传多样性高于阿拉善双峰驼;两品种双峰驼亲缘关系非常近。