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本论文的各种研究，是基于①第二版的中草药数据库，共包含9127种化合物，其中有大约3,000条信息有活性数据和3,922条中药植物源。每个化合物包括2D及3D结构、物理性质、生物活性、来源植物等信息。②第一版海洋天然产物数据库，现在数据库中共有8078条化合物信息，其中3200条包含生物活性数据，1223个化合物包含CAS号，3758个化合物包含物理性质。
结构数据库多样性评价方法。基于徐峻博士提出的拓扑骨架分类方法对六个化学结构数据库进行簇类分析。本论文提出了一个新的通用化学结构数据库结构多样性评价标准。其定义是数据库中骨架的数目和化合物结构的数目比值。本论文用这条标准比较了现有的六个数据库的多样性。在此基础上，为了在保持多样性基础上压缩数据库体积，提出了一种新的有效的数据库压缩方法。在新的压缩后的数据库中保留的分子结构是由K-4-5原则来决定的。具有较高类药性(DLV)的分子会被优先保留在新的数据库中。
化学结构二维子结构检索程序的开发。将图形通用匹配VF算法应用到化学结构子结构检索中，用面向对象的方法，实现了化学结构数据库中二维子结构检索功能，程序各模块之间相互独立、可移植性强、健壮性好。通过与3DFS比较，结果正确，适于处理大型化学结构数据库，现已应用于中药数据库系统药物先导化合物的发现。
SARS、HDAC虚拟筛选。进行了基于受体-配体筛选的分子对接研究。受体研究对象为SARS冠状病毒蛋白酶和组蛋白去乙酰酶。小分子库使用海洋天然产物数据库和中草药数据库。为了提高筛选的效率和质量，我们综合了Lipinski和徐峻的类药性规则，把两个配体数据库进行了过滤和压缩。对接结果也进行了统计处理，以消除dock能量打分对大分子化合物的偏向。用统计和经验方法对结果进行评价和假阳性筛选，以提高有效命中率。
磺胺基羟肟酸类组蛋白去乙酰化酶抑制剂定量构效关系研究。对一系列磺胺基羟肟酸类组蛋白去乙酰化酶抑制剂进行了结构活性分析，成功建立了其三维构效模型，并取得了较高的交叉验证系数。在此基础上，建立了非交叉验证的PLS模型，并对随机选择的6个化合物组成的测试集进行了预测，结果表明改变分子基团的体积是提高磺胺基羟肟酸类HDAC抑制剂活性的主要途径。从三维等值线图分析得出：R5位有较大取代基、R1有较小取代基时，分子有较强活性；R1的脂肪链的主链引入负电性基团、侧链引入正电性基团，有利于化合物活性的增强。所建立模型具有良好活性预测能力。