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生态补偿最初源于自然生态补偿,后来逐渐演变成促进生态环境保护的经济手段和机制。从生态学意义上考查生态补偿,它是指国家和社会投入一定的物力和劳务对因生态系统失衡而导致的环境功能减损和资源存量减少的综合补偿过程,是生态系统的恢复和重建过程。随着环境保护法律体系的建立,生态补偿已经上升为一个法律概念。从法学原理角度出发研究生态补偿机制,其理论基础是环境公平和环境正义原则。生态补偿过程反映在环境法上,体现的是人对人的补偿过程。生态补偿是实现环境正义的制度保障,也是实现环境主体权利和义务的制度工具,但是学界对于生态补偿法律关系理论的研究没有给予足够的重视,也没有形成系统的理论和规范。生态补偿法律关系的研究是建构生态补偿法律制度的前提。生态补偿在实践中遇到的“谁补偿谁”和“补偿多少”的问题,其实质是生态补偿法律法规规定和政策机制约束前提下产生的生态补偿法律关系的明确问题。“谁补偿谁”反映出生态补偿实践中法律关系主体的混乱；至于“补偿多少”则是生态补偿法律关系中主体间权利义务也就是生态补偿法律关系的内容仍未明确。实践中,如何建立上下衔接、互相配套和运转灵活的生态补偿机制的问题亟待解决。而从法律原理角度出发,研究生态补偿法律关系,弄清生态补偿中主体和主体间权利义务内容,是解决这一问题的关键,为生态补偿机制构建的提供理论基础。生态补偿在当前实践中多表现为政府主导的、以财政支付转移为手段的政府补偿形式,故常常被认为是政府主导的行政法律行为,具有公益性。这种说法忽视了实践中其他补偿形式如市场补偿的存在,也就忽略了生态补偿具有民事法律行为性质的实质,不利于生态补偿主体多元化的转变。生态补偿法律关系的主体,必须具有相应的行为能力和责任能力出发,结合实践中生态补偿的多种形式,主要表现为国家、自然人和社会组织、企业等。这种主体划分方法,有益于生态补偿号召更多的社会成员参加到其中,有利于实现环境公平。生态补偿法律关系的客体是各种补偿结果,具体的金钱、政策照顾等均是生态补偿法律关系客体的表现形式。生态补偿法律关系的内容是主体间各种权利义务相累加的结果。明确各主体之间在生态补偿中的权利义务,有助于生态补偿机制的良好运转。从生态补偿法律关系的角度出发,研究生态补偿制度的完善,是理论研究作用于实践的第一步。具体而言,就是明确政府在生态补偿中的责任,充分发挥生态补偿中社会组织的作用；完善生态补偿的制度基础,为生态补偿机制的运行做好法律法规的铺垫；转换补偿形式,以保障环境的保护和利用的众多参与者均能实现其权利、履行其义务。