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采用聚丙稀酰胺电泳技术对江苏海州湾、浙江象山港、辽宁辽东湾三个海区毛蚶群体的遗传多样性进行了研究。在三个群体的9种同工酶中，共检测到了18个基因位点，三个群体的多态位点比率(P.95)分别为61.11％、55.56％、64.71％，平均杂合度观测值（Ho）变化范围在0.1689—0.1770间，位点有效等位基因数分别为1.4417、1.3917、1.4219，遗传多样性较丰富。各群体普遍存在着杂合子缺失现象，近交系数（Fis）分别为0.2140、0.1232、0.1797。比较了三个群体间的遗传分化指数（Fst）和群体每代迁移数（Nm），结果表明海州湾群体和象山港群体间遗传分化较小，Fst=0.0448；而辽东湾群体与其它两个群体间的遗传分化较大，Fst=0.0755，0.0812。聚类分析结果同样表明，海州湾群体首先与象山港群体相聚，后与辽东湾群体聚类。此外，讨论了毛蚶群体分化机制，近交系数与繁殖生物学的相关性。利用聚丙稀酰胺凝胶电泳技术对我国福建平潭岛、浙江象山港、江苏海州湾和辽宁辽东湾四个海区菲律宾蛤仔群体的生化遗传特征进行了分析。结果表明：菲律宾蛤仔四个群体的多态位点比例为62.5％～75.0％，平均杂合度观测值在0.2743～0.3387间，与平均杂合度期望值相近，平均有效等位基因数在1.4891～1.6325间，遗传变异水平较高，杂合子缺失不显著。比较群体间的遗传分化指数和群体每代迁移数发现，平潭岛、象山港和海州湾三个群体间的遗传分化不显著，而辽东湾群体与三个群体间出现遗传差异。聚类分析同样表明：平潭岛群体首先与象山港群体聚类，再与海州湾群体相聚，最后与辽东湾群体相汇。初步讨论了杂合子缺失不显著原因和群体间可能遗传分化机制。对采自连云港、宁波和锦州三个海区毛蚶（S．subcrenata）群体的核糖体基因转录间隔区ITS-2序列进行了PCR扩增，得到了500bp的清晰条带，纯化后直接测序。毛蚶ITS-2序列碱基T、C、A、G四种碱基的平均含量为26.1％、24.3％、27.3％、22.4％，GC含量低于AT含量。利用MEGA3软件共检测到27个变异位点，其中存在3个插入／缺失突变的核苷酸位点，24个转换或颠换核苷酸位点，共27种单倍型。各群体遗传距离在0.000—0.024间。利用ITS-2序列构建的NJ、MP分子系统树显示各群体没有明显聚类，毛蚶不同地理群体之间未出现明显的遗传分化。对毛蚶、魁蚶（S．broughtonii）和泥蚶（T．granosa）3种蚶科的ITS-1和ITS-2序列进行了扩增，PCR产物纯化后经T载体连接进行了克隆、测序。基于ITS-1和ITS-2序列，分别应用邻位相连法和不加权算术平均组对法构建了NJ和UPGMA分子系统树显示：毛蚶和魁蚶首先聚类，然后与泥蚶相聚。这与佩尔森纳贝类分类法将毛蚶和魁蚶归属为毛蚶属，泥蚶归属为泥蚶属相一致。