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图像拼接能很好地解决显微镜高倍镜成像时视野减小的问题，将按照一定件拍摄得到的一组图片精确地拼接成一幅完整清晰的图像，从而利于临床上的学分析及逐渐兴起的远程医疗会诊技术。但目前的普遍使用图像拼接的方法，多只追求图像拼接的速度及准确性，对解决如何消除显微图像的拼接痕迹的问略显不足，因此不适宜在医学图像分析中实现图像效果的较高要求。
本文在分析显微成像系统对医学显微图像灰度分布影响的基础之上，提出一个系统对图像灰度分布的影响函数。结合系统影响函数和精确匹配下的相关方程，得到一个以最小平方和形式误差函数为基础的方程组。利用奇异值分解到系统对图像灰度分布的影响的估计值，然后用估计值来补偿系统的影响，得图像的原始灰度，再进行拼接。这种方法能在不影响拼接速度的前提下，消除学显微图像中存在的拼接缝和拼接痕迹。
同时，本文使用Visual C++结合图形界面将这一算法写入了软件中。本软要实现的目标是将一个文件夹中一组序列小图像拼接成一幅大图像，将灰度图或者近似灰度图像应用估计补偿的方法进行图像融合，对于真彩色的图像，采加权平滑的融合算法。本软件中加载可用于MFC的CxImage图像操作类库，图像进行打开、保存、显示及格式转换等操作。
本文中的估计补偿误差算法，为去除显微图像拼接缝和拼接痕迹提供了有的解决办法。软件则采用估计补偿误差算法和加权平滑算法分别对非彩色和彩的显微图像进行系统影响消除，保证了拼接效率和拼接效果二者之间最优化。