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本研究采用典型群随机抽样方法和PCR扩增技术检测牛亚科家畜6个牛种普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛、沼泽水牛和江河水牛中具有代表性的6品种:18头巴音郭楞州蒙古牛,18头雷琼牛,18头巴音郭楞州牦牛,12头独龙牛,19头海子水牛和15头尼里-拉菲水牛的结构基因—Myostatin 3个外显子序列的变异。对得到的序列以及从GenBank上下载的序列使用DNAman、Mega4.1、DNAsp4.1等软件对序列进行处理与分析,统计出核苷酸组成、遗传距离、核苷酸分化系数、基因分歧系数等基本数据,对6个牛种种内和种间MSTN基因遗传变异、遗传分化进行分析。以各品种单倍型为基础,及从GenBank上选取牛亚科动物MSTN基因序列4条(普通牛Bos taurus AB076403,瘤牛Bos indicus AY794986,牦牛Bos grunniens AY787760S,江河水牛Bubalus buffalo(River) DQ091762)并以绵羊(Ovis aries AF019622)为外群,在Mega4.1软件中采用NJ法、ME法和MP法分别构建分子系统进化树。结果表明:1.牛亚科家畜MSTN基因在物种内、物种间存在广泛的变异,分析结果表明MSTN基因在进化中具有较高的突变率。2.在6个牛种群内雷琼牛MSTN基因分化最高、遗传多样性最丰富,海子水牛MSTN基因分化程度最小、遗传多样性最贫乏。且随着时间的推移, MSTN基因的分化在牛亚科各牛种间的分化程度也各不相同。3. MSTN基因在水牛与其他牛种间分化已很明显;沼泽水牛和江河水牛之间的遗传分化已很大,己达到物种水平。其余4个牛种间的MSTN基因分化不是很大,其中普通牛与大额牛间关系较近,说明它们遗传相似性较高,彼此间在更近的世代可能存在基因交流。4.通过序列分析及系统发育树分析,水牛属与牛属间系统地位分界明显;大额牛与普通牛的距离比较近,大额牛归于牛属应该是合理的,但大额牛应是Bos属中单独的一个种;牦牛、普通牛、瘤牛中存在一种共有的单倍型,且遗传距离也较近,牦牛也应是Bos属中单独的一个种。