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近年来，我国大科学装置的建设呈现出快速发展态势，大科学工程的有效实施和大科学装置的高效运行对于增强我国原始创新能力、保障科技和社会长远发展具有日趋重要的作用。在这一过程中，大科学工程的治理问题也愈发凸显出来。本文旨在通过比较LAMOST和美国Hubble望远镜建设工程的治理实践，阐明大科学工程治理的特殊性和治理原则，进而为我国大科学工程治理机制的改进提供理论支持。 为此，本文首先对“治理”、“项目治理”和“治理机制”等术语的内涵进行了分析和界定，讨论了大科学工程的性质以及大科学工程治理机制的内涵与特点，进而建构了大科学工程治理机制的二维三元分析框架:把对大科学工程治理机制的研究划分成立项、建设和运行三个阶段来逐一考察，而对每个阶段，则从治理主体、治理规则和治理过程三个层次展开分析。 据此，作者对LAMOST和Hubble望远镜建设工程及其治理机制进行了比较研究。由此发现:(1) LAMOST这类大科学工程之所以能够立项，首先需要特定科研单位基于自身能力形成大科学工程建设初步方案，而后通过争取有关专家和官员支持，得以成功纳入行政部门主导的建设规划，与此相比，美国的大科学工程项目则是通过国会辩论确定的，更加注重大科学工程的公共性特别是经济社会影响，而且作为科学共同体的学会在其中发挥着特别重要的作用。(2)在建设阶段，LAMOST工程仍然由上级管理部门主导，独立评估机构的参与程度较低，在一定程度上存在着科学部门和最终用户与工程建设相脱节的情况，而Hubble建设时期成立的科学协调委员会对工程建设起到了直接有效的监督作用，美国科学院和其它独立评估机构也发挥着重要协调作用，使得外部科学家也能参与到工程治理中。(3)在运行阶段，LAMOST的运行机构隶属于上级管理部门，其治理组织设置比较单一，责权分配也更为集中;而Hubble的运行机构由非政府组织运营，其治理工作组织得更加精细，各种权限被分割成更多部分，保证了资源分配的公平性和评估工作的独立性。 最后，作者对Hubble和LAMOST建设工程治理机制的结构性差异进行了反思，进而讨论了对大科学工程进行有效治理的一般原则，提出我国大科学工程建设及治理应该在遴选制度、法律制度和独立第三方评估制度等方面借鉴美国的某些经验，逐渐形成一套完善的、具有中国特色的大科学工程治理体系。