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区域环境合作治理是区域经济一体化的必然产物。目前，长三角的区域环境污染，特别是跨界水污染已非常突出。这类跨区域公共事务的特征决定了仅靠单个地方政府是无法有效解决的，应该联合区域内各地方政府走合作治理的道路。事实上，长三角地区各地方政府在面对跨界水污染问题时已充分地认识其严重性与危害性，并且在一定层面上积极开展区域政府合作治理污染行动。但是实践中还是存有诸多问题，需要在理论上予以解答和探讨。
不可否认，近年来研究地方政府间合作的论述如汗牛充栋，对本研究也提供了大量的理论支持。但是针对流域水污染问题的治理形式的研究则相对有限，对于笔者而言，这或许是一个具有挑战性的契机，但同时有限的研究成果也预示着此次论题的政策建议部分存在或多或少的缺憾与不足，还有待日后的进一步深入与完善。
从篇章结构来看，本文共分为七个部分：
第一章是导言。主要是针对长三角地区地方政府合作治理流域水污染问题作出前提性分析，主要涉及研究背景、研究意义、研究方法以及目前国内外研究现状等内容。
第二章是合作治理的必要性解释，即“合作”问题的提出。这是本文论述的基调，政府针对水环境可以采用分散管理与集中管理的方式来实现治理。在本章中，笔者通过水环境昀特征以及目前长三角区域经济一体化的契机来为本文定调——水污染问题必须通过合作治理的方式才能得到根本解决。
第三章是全文的理论基础。本章梳理出地方政府间关系理论的演变过程，即一个从竞争到博弈到合作的理论转变，同时对政府合作向度的整理，为下文的实证研究奠定了理论基础。
第四章是现状研究。在本章中列举了长三角地区地方政府在合作治理流域污染问题上所开展的工作以及实现的成效，表明目前该地区各地方政府已在合作问题上达成共识，并且在实际行动中表明了合作治污的决心。第五章主要针对长三角地区地方政府合作治理水污染乏力的根源展开研究。 I研究发现，导致长三角地方政府合作乏力的原因主要是：欠缺长效的合作机制、行政体制的分割性、地方本位主义、法律法规的不完善以及非对称的资源依赖结构。
第六章是国内外经验借鉴部分。所谓“它山之石，可以攻玉”，国外在流域管理方面的成功经验可以为我国目前流域管理体制提供极好的借鉴，至少可以提醒流域内政府关注三个方面的工作，即实现水污染防治一体化、重视立法工作以及强调环境保护。
第七章是思路和建议部分。本章从制度环境、组织载体以及监督机制三个方面展开论述。试图从根源入手提出解决思路，紧扣第五章提出的诸多障碍。