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本研究测定了矩形臂尾轮虫(Brachionus leydigi)线粒体基因组全序列及螺形龟甲轮虫(Keratella cochlearis)mtDNA-Ⅱ序列，主要方法包括轮虫单克隆培养、DNA提取、引物设计、PCR扩增、产物鉴定与纯化、DNA序列测定及分析。实验结果显示矩形臂尾轮虫线粒体基因组由两个DNA环组成，分别命名为mtDNA-Ⅰ（10892 bp）、mtDNA-Ⅱ（12288 bp）。矩形臂尾轮虫线粒体基因组包含12个蛋白质编码基因、22个tRNA编码基因以及2个rRNA编码基因，两个DNA环上各有一段4500 bp左右的非编码区，同源性高达99％。12个蛋白质编码基因中，除ND4、ND5基因的起始密码子为ATA，其余的蛋白质编码基因均以ATG为起始密码子。ATP6、ND4、ND4L蛋白质编码基因的终止密码子为TAG，其余基因的都是以TAA为终止密码子。矩形臂尾轮虫线粒体基因组AT碱基含量非常丰富，mtDNA-Ⅰ环上A+T=70.57%，mtDNA-Ⅱ环上A+T=70.79%。螺形龟甲轮虫mtDNA-II总长11133 bp，包含8个编码蛋白质的基因，3个tRNA编码基因以及一段长约3.6 kb的非编码区。螺形龟甲轮虫有6个基因的起始密码子是ATG(COXI、ND6、ND4L、ND5、COX3和ND3)，另外的2个是以ATA为起始密码子(ND4和COX2)。螺形龟甲轮虫mtDNA-II环上的A+T的含量为67%。将本研究测定的矩形臂尾轮虫线粒体基因组结合Genbank中9种轮形动物门物种和本实验室研究的3种臂尾轮虫的线粒体基因组，以Acropora tenuis为外群，基于10种蛋白质编码基因（ND1-3、ND5、ND6、COX1-3、ATP6、CYTB）序列，利用 Mega6.0软件进行序列的比对和分析，运用 NJ法（Neighbor-Joining）重建了分子系统树，对轮形动物门13种动物的系统发生关系进行了探讨。