水稻胚乳及幼苗基因表达谱的研究

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对由开花后第10天时制备的水稻胚乳cDNA文库进行了大规模随机测序,共获得9 215条3’端具Poly(A)~+的EST。经生物信息学分析,此9,215条3’-EST可代表2959个独立基因。其中已知基因471个(16%),具有推测功能的基因446个(15%),在NCBI dbEST水稻数据库中已有EST报道的基因624个(21%),新基因1218个(41%)。 经生物信息学分析,所得独立基因中的2 490个(84.2%)测到1~2次,视为低丰度表达基因;389个(13.2%)测到3~7次,视为中丰度表达基因;80个(2.6%)测到8次或8次以上,视为高丰度表达基因。所得高丰度基因总计测到4673次,占3’-EST总数50.8%,低丰度基因的EST仅占3’-EST总数的31.8%;中丰度表达基因占17.5%。 分析结果表明,水稻胚乳中贮藏蛋白基因表达丰度非常高。所得各蛋白、醇溶蛋白和球蛋白基因的EST数量分别为2597、614和105条,共占3’-EST总数的36%。共检测到617条核糖体蛋白基因和核糖体RNA基因的EST,占3’-EST总数的6.7%;其他与蛋白翻译有关的基因的EST占3’-EST总数的0.6%。这表明蛋白合成是水稻胚乳中的一个主要的细胞过程。检测到11个包括热激蛋白基因在内的分子伴侣蛋白基因。其中,热激蛋白-70、蛋白质二硫键异构酶、亲环蛋白-2基因为高丰度表达。检测到27个与蛋白降解有关的基因,包括16个遍在蛋白基田,7个蛋白酶基因和4个20s蛋白酶体蛋白基因。检测到11个氨基酸代谢酶基因,其中,甲硫氨酸合成酶基因表达丰度很高,表明胚乳中甲硫氨酸合成反应很强;天冬氨酸转氨酶基因胚乳中亦高丰度表达。 检测到18个与淀粉合成代谢有关的基因,共159条EST,占3’-EST总数的1.7%。ADPG-焦磷酸化酶、可溶性淀粉合成酶、淀粉分支酶、淀粉去分支酶、蜡质基因等淀粉生物合成关键酶基因的表达丰度极高,表明胚乳内淀粉合成代谢强烈。对于脂肪酸合成酶基因仅检测到硬质酰-ACP去饱和酶基因和酰基载体蛋白-2基因,且表达丰度很低,表明胚乳组织中脂肪酸合成代谢很弱。但脂类转运蛋白-2基因和脂类转运蛋白-3基因的表达水平非常高,意味着胚乳组织中脂类的膜转运活动很活跃。共检测到5个脂类转运蛋白基田和12个其他膜转运 第二部分研究报告 蛋白基困,包括 5个水孔多白募秽,3个蛋白运粉参夕墓凤这 17个膜转运蛋白 基因中的8个在胚乳中呈中、高表达丰度,表明胚乳中的膜物质转运活动活跃。 抗病基因和抗环境胁迫基困的田T占 3,EST总数的2.9O。检测到28个抗 病基因,包括3个过敏性蛋白基困,4个蛋白酶抑制因子基因,9个细胞壁蛋白 基因及门 个病程相关蛋白基固。其中,主要过教性多夕墓刃 多白渺制囚子 -9、雾含眩膜多白-j、病挪关爹白*等基因在胚乳中高丰度表达。检测 到16个编码氧自由基清除蛋白基因,包括过氧/t雕化酶、过氧It氢歇过氧 /t匆释等基因,但这些基因在胚乳中的表达丰度很低。检测到6个金虏硫多白募-圾,其中仅龋硫多白刁在胚乳中以高丰度表达,其他5个基因呈中、低表达 丰度。 检测到22个转录因子基因和22个信号转导蛋白基困。转录因子基因包括7 个AIDS;4个辞投考匆多白、2个乙投应彦囚子考合蛋白、2个亮氛踱在链蛋夕 及 7个其他类型的转录因子基因。其中除 Dof辞猪绪狩基困为中丰度表达,其他 转录因子基因表达丰度均较低。所检测到的22个信号转导蛋白基因包括9个爹 白浚蹲、4个参白 涝、3个受琳基因及其他6个基困。有一个匆尔涝多白波 酸基囚为高丰度表达,多数其他信号转导蛋白基因表达水平很低。 检测到6个编码光合电子传递链组成蛋白基因;其中勿彪色素b6表达丰度 非常高。卡尔文循环中的关键酶核酮穆-1,5-二蹦撰兆醋因表达丰度也非 常高。这两个基因的表达意味着在发育中的胚乳中仍存在光合作用。所检测到的 线粒体蛋白基因中包括10个线粒体电子传递链组成蛋白基因,3个三谈酸循环酶 基困,3个ATP合成酶基因。多数线粒体蛋白基因在胚乳中呈中、低表达丰度。 所检测到的液泡蛋白基困和油体蛋白基因中,M人D)赃蛋白彦雕胚乳中的表 达丰度非常高。
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