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口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)是全球十大最常见的癌症之一,全球每年新增病例大约300,000,而五年生存率大约50%。口腔癌是一个广义的术语,包括了颊部、舌部、舌基底部、牙龈、口底、硬腭等部位的恶性肿瘤,其中约95%的口腔恶性肿瘤是鳞状细胞癌。口腔鳞状细胞癌的分子机制尚未完全探明。因此,探索口腔鳞癌进展过程中的关键分子,阐明其在口腔鳞癌进展中的作用,并为诊断口腔鳞癌寻找一些个性化的分子标志物是十分必要的。同时,这些标志物可以帮助口腔鳞癌患者寻找治疗分子靶标,进行预后判断和个性化定制治疗方案。目前随着高通量测序技术的发展,相较传统技术成本更低、更快速且更灵敏。因此,伴随着高通量测序数据的发展,促进了测序数据分析方法的发展,也为进一步探索生命科学的基因表达调控关系提供了基础。本研究的目的是通过一系列生物信息学分析探索口腔鳞状细胞癌与基因表达的关系,筛选出差异表达的RNA,构建ceRNA网络以及探索潜在的生物学标志物。首先我们从TCGA数据库中下载口腔鳞癌患者的RNA-seq,miRNA-seq和临床数据并进行标准化、注释以及整合。获得了 327名口腔鳞癌患者的肿瘤样本和其中31名患者配对的正常组织样本的RNA表达信息。通过R包“edgeR”对RNA表达信息进行差异分析,获得肿瘤-正常组织差异表达的RNA(|FC|>2,P值<0.01)。然后在DAVID数据库中对差异基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。接着,我们整合miRcode,miRDB,miRTarBase和TargetScan数据库,通过R包“GDCRNATools”对327例肿瘤样本的差异表达RNA进行ceRNA网络分析(P<0.01)。利用Cytoscape网络工具将ceRNA网络可视化。最后通过单因素COX和KM生存分析验证ceRNA网络是否与生存相关。通过上述一系列分析,我们共获得2203个差异mRNA,170个差异miRNA和119个差异lncRNA;基因功能和通路富集结果显示KEGG通路主富集在焦点粘着、ECM-受体相互作用以及细胞周期;GO生物学过程主要富集在细胞外基质组织、胶原分解代谢过程以及细胞粘附。在ceRNA网络分析中,获得了由39个lncRNA,31个miRNA和67个mRNA构成的ceRNA网络。单基因COX和KM生存分析结果中有6个RNA的高表达与舌鳞癌患者的总体生存时间短相关:CEP55、CCNA2、EGLN3、LINC00958、miR-130b 和 SLC16A1-AS1。1 个 RNA的低表达与舌鳞癌患者的总体生存时间短相关:STARD4-AS1。同时,LINC00958、miR-130b、CEP55和EGLN3之间构成预后相关的ceRNA网络。以上分析表明,1个预后ceRNA网络和7个RNA可能在口腔鳞癌的发展和转移中起重要作用,可能可以作为预测口腔鳞癌患者预后的生物标志物。研究结果也为舌鳞癌的发生发展和转移机制提供了更好理解,并对未来的研究提供了方向。