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中国地下水氟污染及地方性饮用水氟中毒现象颇为普遍，其主要污染区域分布在河南、河北、安徽和内蒙古。本研究以河南鹿邑县马铺镇作为研究区域，首先对当地的地下饮用水微生物分布进行调查研究，采样范围包括20个村庄，共采集到219个微生物样品和146个水样。其次，研究当地居民的家用净水器在除氟过程中，对水中微生物群落组成的影响及净水器滤芯上微生物的组成，采集到18个水样、18个微生物样品和三套净水器内的15个滤芯样品。运用SEM、T-RFLP、RT-PCR和Illunima MiSeq高通量测序技术，分析样品生物膜的形貌及微生物群落生态特征，并应用统计学分析微生物多样性的差异与变化。结论如下: (1)氟对地下饮用水微生物群落的影响显著，环境中的其他因子协同氟共同作用; (2)微生物在低氟浓度的地下水环境中多样性和丰度最高，但细菌群落在高氟地下水环境中比低氟环境表现更强的稳定性，古菌群落在低氟和高氟环境中维持稳定，真菌群落则能稳定存在于低氟地下水环境中; (3)细菌中的变形菌门（Proteobacteria）在所有含氟地下水中均占优势，此外，在低氟水中的优势菌群为拟杆菌门（Bacteroidetes），在中氟水中的优势菌群为放线菌门(Actinobacteria)和蓝藻门（Cyanobacteria），在高氟水中厚壁菌门（Firmicutes）和蓝藻门（Cyanobacteria）占优势;古菌在低氟和高氟水中的优势菌群为广古菌门（Euryarchaeota），中氟水中奇古菌门（Thaumarchaeota）占优势;真菌中，子囊菌门(Ascomycota)富集于低氟水中，担子菌门(Basidiomycota)随着氟浓度的升高而富集; (4)家用净水器中的滤芯附着生物膜的难易程度:PP棉＞活性炭＞反渗透膜; (5)家用狰水器处理工艺中存在的优势菌种有变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和酸杆菌门(Acidobacteria),其中厚壁茵门（Firmicutes）易于附着在PP棉、反渗透膜和后置活性炭上，γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）易于生存在各种滤芯材料中，α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）在进出水中占优势，芽孢杆菌纲(Bacilli)在第一类工艺中占优势; (6)PP棉对细菌的去除作用不明显，活性炭对厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）有很好的吸附效果，反渗透膜截留细菌效果好。 (7)家用净水器能去除氟和大部分细菌，但滤芯上会富集生长一些病原菌如不动杆菌(Acinetobacter)、假单胞菌属（Pseudomonas）和阿菲波菌属(Afipia)等，这对家庭用户存在潜在威胁，建议定期清洗和更换滤芯。