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随着新型农村合作医疗制度的推广，通过支付方式改革来改变医疗行为，从而控制医疗费用的上涨受到越来越多的关注，目前我国已经有部分新型农村合作医疗试点县开始对定点医院进行单病种付费的实验性研究。本研究是以云南省禄丰县实施的新型农村合作医疗按病种付费试点为案例，研究其支付方式改革的实施效果，为正在和即将实施病种付费的试点县提供借鉴。
本研究采用定量和定性相结合的方法，定量调查过程中，选择实施新型农村合作医疗的4个县级医疗机构和5个乡级医疗机构，调查按病种付费实施前后的住院病例首页共计2839份。通过比较病种的覆盖率、费用变化、住院天数变化、出院转归、医疗机构业务收入等指标，分析病种付费对参合患者医疗费用的控制效果、医疗质量的影响以及对医疗机构经营状况的影响，并结合定性调查和农民对病种付费满意度调查分析相关利益者的立场和影响力。
研究表明，禄丰县目前实施病种付费对医疗费用控制和费用结构调整具有积极效果，特别是一些手术治疗疾病实施效果较好；病种付费的实施能够促使医疗机构以一个较平稳的速度发展。但仍存在一些技术和管理问题制约了病种付费的实施，如：病种费用标准难制定、疾病诊断不规范、医院信息化程度较低、管理成本较高等问题，这些都是病种付费的持续运行中亟待解决的问题。
本研究提出了目前我国新型农村合作医疗地区病种付费的实现条件：(1)建立具有“相互提供”和“相互制约”的三方博弈关系；(2)取得卫生行政部门的重视与支持；(3)营造外部的竞争环境；(4)改革内部的分配制度；(5)逐步探索病种费用标准制定方法的改进措施；(6)培训医务人员，提高医院信息的标准化程度；(7)完善配套的质量控制措施和评价体系；(8)建立病种付费方案的动态调整机制。