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基因工程菌Fhhh，是真核原核2界细胞的3亲菌株跨界融合子，含有降解性基因lip和mnp。降解性基因lip和mnp，来自3亲株中的黄孢原毛平革菌(PC)，所表达的2种过氧化物酶LiP和MnP，是降解对苯二甲酸(PTA)废水的分子生物学基础。Fhhh降解废水过程中的lip和mnp基因表达优化调控、生态因子优化调控、工艺参数优化调控的三优化调控，是本项研究的主体内容。
研究lip和mnp基因表达的优化调控，以四种金属元素Mn2+，Cu2+，Zn2+，Se4+和营养元素N、P水平为调控参数。结果表明，在食品废水中，四种金属元素影响Fhhh和亲株PC比降解率(生物负荷率)高低的排序均为：Mn2+＞Cu＞Zn2+＞Se4+。在四种金属元素浓度优化条件下的PTA溶液中，Fhhh分泌的MnP比活力水平与亲株PC相近。
PTA原废水的水质恶劣而缺乏营养，可抑制Fhhh和PC的木质素过氧化物酶(LiP)和锰过氧化物酶(MnP)活性水平的表达。在PTA原废水中添加N至终浓度100mg/L、添加P至终浓度20mg/L，使PTA废水的BOD：N：P接近于100：5：1，同时添加Mn2+至终浓度10mg/L(优化水平)，Fhhh的MnP活性水平可由600个单位提高至1300个单位；PC的MnP活性水平可由400个单位提高至700个单位。添加Mn2+，对MnP活性水平的表达有促进作用，对LiP有抑制作用。
研究生态因子的优化调控，以酒石酸铵，H2O2，pH，Mn2+的浓度为四个调控参数。该四种因子的水平，同时直接影响到两种过氧化物酶的基因表达量及其活性水平，最终影响到Fhhh降解废水的效率。不同的是，研究生态因子优化调控的测定指标，是以降解废水的性能参数即比降解率为主。四种生态因子的优化组合
水平是：6mmol/L的酒石酸铵、1.0mmol/L的H2O2、10mg/L的Mn2+、pH7.0。在4种生态因子与4种金属元素水平的同时优化组合前提下，Fhhh和PC的比降解率均高于非优化组。Fhhh比降解率比PC高出11.11％，过氧化物酶(PX)比活力水平比PC高出15.22％。表明Fhhh在降解有机污染物时比PC更具优势。研究工艺参数的优化调控，采用环境生物技术信息学方法。按照常规活性污泥法的工艺流程及其相关的设计参数，以PTA废水降解动力学的6项参数测定值、废水的15项自然参数测定值和工艺参数测定值为基础，建立目标函数-决策变量-瞬时变量-约束变量的数学模型，建立专家系统，设计功能模块，以VisualBasic6.0语言，编制环境生物技术信息学软件Ebis的操作与运行程序。用Ebis软件计算处理废水所需的最小反应器体积、最低的建设与运行费用、所有相关的参数水平，作为工艺优化调控的依据。
应用环境生物技术信息学软件Ebis，优化计算处理生活污水和PTA废水的相关参数，结果是：(1)采用活性污泥法处理生活污水，Ebis计算所需的反应器体积数值与美国的公布值相差0.8％，与中国的公布值相差7.3％。(2)采用上流式厌氧污泥床法(UASB)处理PTA废水，Ebis计算中国台湾与荷兰所需的反应器体积数值仅相差3.8％。结果表明，Ebis不但适用于PTA工业废水处理，而且适用于生活污水处理；不但适用于活性污泥法，而且适用UASB法。Ebis具有相当的通用性和合理性。
应用Ebis计算基因表达优化调控-生态因子优化调控-工艺参数优化调控的三项综合优化条件下的结果是：与土著细菌YZ1相比，Fhhh可提高比降解率5.67倍；可节约反应器体积7.85％、节约曝气费用49.99％、节约处理系统的总费用36.60％。Fhhh的优化，比不优化可节约7.61％的反应器体积。环境生物技术信息学软件Ebis,已拥有正式版权[中华人民共和国国家版权局，软著登字第005607号]。