APOBEC-3A/B多态性与乙肝病毒变异在乙肝病毒相关肝细胞癌发生发展中的交互作用

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背景:在我国,肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)约占原发性肝癌的90%,HCC的发生发展是一个复杂的进化过程,是由机体本身的遗传因素、外源的病毒因素及环境因素等多个因素相互作用综合影响的过程。我国人口占世界人口的1/5、HBV慢性感染者占全球的1/3、而肝癌患者占全球的1/2以上,提示在中国流行的HBV很容易形成慢性感染,我国流行的HBV更加容易致癌。APOBECs家族具有脱氨基活性,可以将单链DNA (single-strain DNA, ssDNA)和RNA上的胞嘧啶转化为尿嘧啶(C>U)。维持HBV慢性感染的关键结构—共价闭合环状DNA(covalently closed circular DNA, cccDNA)也可在碱基切除修复通路(base-excision repair, BER)的辅助下被A3诱导降解。因此,为了探索我国HCC发生的遗传易感因素,我们研究APOBECs的遗传多态性与HBV在HCC发生发展过程中的关系以明确HBV的致癌机制。目的:研究APOBECs多态性(rs2267401, rs5750717, rs12628403)与HBV感染所致各阶段肝病发生风险的相关性,进而分析基因多态性与HBV突变的关系以及二者在HCC发生发展过程中的交互作用,探索我国HCC发生的遗传易感因素以及病毒因素,为预防HCC的发生以及预测HCC的发生提供流行病学依据。方法:本实验的研究对象共选取1012名健康对照、330名HBV自然清除者、316名无症状乙肝表面抗原携带者、866名慢性乙肝病毒感染者、482名肝硬化患者和1165名肝癌患者,采用荧光定量PCR技术对这些样本的APOBECs的3个单核苷酸多态性位点进行检测分型。在网站上(http://www.oege.org./software/hwe-mr-calc. shtml)对以上3个SNP位点进行HWE P value检验。采用两独立样本t检验或方差分析进行比较,χ2检验,logistic回归模型也被用于分析APOBECs多态性与乙肝病毒感染或肝细胞癌的关系,以及与乙肝病毒变异在肝细胞癌发生发展中的交互作用。结果:1. APOBECs多态性与乙肝病毒感染及其与HCC发生的关系(1)以健康对照为参照,rs2267401 TG基因型能显著降低HBV相关HCC的发病风险(AOR=0.74,95%CI=0.57-0.96),而GG基因型及G等位基因均能显著升高HBV相关HCC的发病风险(AOR=1.40,95%CI=1.08-1.83; AOR=1.18,95%CI=1.01-1.39)。以HBV感染的非HCC组(non-HCC)作为参照,rs5750717的G等位基因能显著降低HCC的发病风险(AOR=0.80,95%CI=0.65-0.98)。以肝炎后肝硬化组作为参照,rs2267401的TG、GG及G等位基因均能显著增加HCC的发病风险(AOR=1.50,95%CI=1.04-2.16; AOR=1.75,95%CI=1.26-2.42;AOR=1.60,95%CI=1.31-1.95)。以乙肝表面抗原自然清除者(HBsAg clearances)作为参照,rs2267401的TG基因型能显著降低HCC的发病风险(AOR=0.35,95%CI=0.19-0.64); rs5750717的AG、GG及G等位基因均能显著降低HCC的发病风险(AOR=0.18,95%CI=0.09-0.33; AOR=0.21,95%CI=0.10-0.45; AOR=0.23,95%CI=0.15-0.34); rs12628403的CC基因型及C等位基因均能显著降低HCC的发病风险(AOR=0.16,95%CI=0.09-0.29; AOR=0.36,95%CI=0.26-0.50)。(2)按照性别分层:在男性中,与健康对照组比较,rs2267401 TG基因型显著降低HBV相关HCC的发病风险(AOR=0.63,95%CI=0.47-0.85)。与肝炎后肝硬化组相比,rs2267401的GG基因型及G等位基因能显著增加HCC的发病风险(AOR=1.93,95%CI=1.31-2.86; AOR=1.71,95%CI=1.35-2.17)。以乙肝表面抗原自然清除者为参照,rs2267401的TG基因型能显著降低HCC的发病风险(AOR=0.32, 95%CI=0.17-0.63); rs5750717的AG, GG基因型及G等位基因均能显著降低HCC的发病风险(AOR=0.19,95%CI=0.10-0.38; AOR=0.21,95%CI=0.09-0.49; AOR=0.23, 95%CI=0.15-0.36); rs12628403的CC基因型及C等位基因能显著降低HCC的发病风险(AOR=0.17,95%CI=0.09-0.34; AOR=0.37,95%CI=0.26-0.53)。在女性中,以健康对照比较, rs2267401的G等位基因能显著增加HCC的发病风险(AOR=1.45,95%CI=1.04-2.04)。与HBV感染的非HCC组相比,rs2267401的TG基因型及G等位基因均能显著增加HBV感染后HCC的发病风险(AOR=1.72, 95%CI=1.06-2.80; AOR=1.33,95%CI= 1.01-1.74).以乙肝表面抗原自然清除者为参照, rs5750717的AG基因型及G等位基因均能显著降低HCC的发病风险(AOR=0.10,95%CI=0.01-0.65; AOR=0.20,95%CI=0.07-0.55); rs12628403的CC基因型及C等位基因能显著降低HCC的发病风险(AOR=0.14,95%CI=0.03-0.65; AOR=0.34,95%CI=0.17-0.69).(3)以HBV基因型分层:利用性别和年龄校正后,rs5750717 GG基因型显著降低基因型B HBV感染的非HCC患者发展成HCC的风险(AOR=0.10,95%CI=0.01-0.77)。利用性别和年龄校正后,rs5750717 AG基因型能够显著降低基因型C病毒感染的非HCC患者发展成HCC的风险(AOR=0.45,95%CI=0.28-0.72)。2.APOBECs多态性与乙肝病毒突变之间的关系(1)在基因型C的感染者中,rs2267401 TG基因型能显著增加C1653T的突变频率。在基因型B的感染者中,rs2267401 GG突变基因型能显著增加G2946A的突变频率,同时rs2267401 TG基因型及G等位基因型能显著降低A1846T与G1896A的突变频率。(2)对rs5750717各基因型进行分析之后发现,在基因型C的感染者中,rs5750717 AG基因型能显著降低G1764A和G1896A的突变频率,并能显著降低C1799G的突变频率。rs5750717 GG基因型和G等位基因型能显著增加T1674G,A1727T和C2875A的突变频率,同时降低A1762T/G1764A和C1913A的突变频率。(3)对rS12628403各基因型进行分析之后发现,在基因型C的感染者中,rs12628403的各突变基因型能显著增加G1899A, C1913A, C2964A, A3120G的突变频率。在基因型B的感染者中,rs12628403的各突变基因型能显著增加preS deletion, A1846T, G1896A, C2875A, C2931T的突变频率。3-APOBECs多态性与乙肝病毒突变在LC及HCC的发生发展过程中的交互作用(1)rs2267401与病毒突变在LC及HCC中的交互作用:在B亚型中,rs2267401的显性模型(TG+GG)和G1896A在非肝硬化HBV感染者进展为LC的过程中存在显著的协同性交互作用。在C亚型中,rs2267401的TG基因型和preS deletion在C型感染者进展为HCC的过程中存在显著的协同性交互作用。此外,rs2267401的显性模型(TG+GG)与preS1 start codon mutation在HBV感染者进展为HCC的过程中也存在显著的协同性交互作用。rs2267401的TG基因型和T1674CG在非肝硬化HBV感染者进展为LC的过程中存在显著的协同性交互作用。(2)rs5750717与病毒突变在LC及HCC中的交互作用:在B亚型中,rs5750717的显性模型(AG+GG)和G1719T及T1727G在H13V感染者进展为HCC的过程中均存在显著的协同性交互作用。rs5750717的显性模型(AG+GG)和G1896A在非肝硬化HBV感染者进展为LC的过程中存在显著的协同性交互作用。而rs5750717的显性模型(AG+GG)和T3054A在非肝硬化HBV感染者进展为LC的过程中存在显著的拮抗性交互作用。在C亚型中,rs5750717的显性模型(AG+GG)和C1673T在HBV感染者进展为HCC的过程中存在显著的拮抗性交互作用。rs5750717的显性模型(AG+GG)和T1674CG及G1719T在HBV感染者进展为HCC的过程中均存在显著的协同性交互作用。rs5750717的AG基因型和preS2 start codon mutation在HBV感染者进展为HCC的过程中存在显著的协同性交互作用。rs5750717的AG基因型和C1653T在非肝硬化HBV感染者进展为LC的过程中存在显著的协同性交互作用。rs5750717的显性模型(AG+GG)和A1726C及A1727T在非肝硬化HBV感染者进展为LC的过程中均存在显著的拮抗性交互作用。(3)rs12628403与病毒突变在LC及HCC中的交互作用:在B亚型中,rs12628403的显性模型(AC+CC)和G1652A及T1673C在HBV感染者进展为HCC的过程中均存在显著的拮抗性交互作用。此外,rs12628403的AC基因型和G1899A在HBV感染者进展为HCC的过程中存在显著的协同性交互作用。rs12628403的显性模型(AC+CC)和T53C在HBV感染者进展为HCC的过程中也存在显著的协同性交互作用。在C亚型中,rs12628403的显性模型(AC+CC)和G1896A及T53C在HBV感染者进展为HCC的过程中均存在显著的协同性交互作用。rs12628403的AC基因型和C1653T在非肝硬化HBV感染者进展为LC的过程中存在显著的拮抗性交互作用。rs12628403的显性模型(AC+CC)和C1766T在非肝硬化HBV感染者进展为LC的过程中存在显著的协同性交互作用。rs12628403的显性模型(AC+CC)和T2857C在非肝硬化HBV感染者进展为LC的过程中存在显著的拮抗性交互作用。结论:1. rs2267401 TG基因型能显著降低健康人群中HBV相关HCC的发病风险,而GG基因型及G等位基因均能显著升高健康人群中HBV相关HCC的发病风险;rs5750717的G等位基因能显著降低非肝癌HBV感染患者发生HCC的风险;rs2267401的TG、GG及G等位基因均能显著增加肝硬化患者发生HCC的风险;rs2267401的TG基因型、rs5750717的AG、GG及G等位基因、rs12628403的CC基因型及C等位基因均能显著降低乙肝表面抗原自然清楚者发生HCC的风险。2.在基因型B的感染者中,rs5750717 GG基因型能够显著降低HCC的发生风险。在基因型C的感染者中,rs5750717 AG基因型能够显著降低HCC的发生风险。3.APOBECs多态性能够影响多个HCC相关的乙肝病毒突变频率,二者在HCC的发生发展中存在着交互作用。4.APOBECs多态性还能够影响多个LC相关的乙肝病毒突变频率,二者在LC的发生发展中同样存在着交互作用。
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