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近年来，我国在经济发展的同时，也更加重视生态环境的建设和保护。生态补偿对于加强地区生态保护，实现水资源的可持续利用，完善流域水资源管理尤为关键。作为长江上游地区，三峡库区生态环境的状况对整个长江流域水资源状况有重大影响，而库区也为保护良好的生态环境做出了贡献和牺牲。一方面，三峡工程给库区的生态环境带来了较大的影响，水污染防治、生态保护、泥沙淤积和水土流失的防治工作艰巨；另一方面，为维护良好的生态系统，库区限制了污染企业的发展，加大了生态环境保护和建设投入，这些措施都影响了库区经济的发展，使得库区与下游地区的差距不断拉大。经济的落后使得库区生态保护和建设的能力受到严重削弱，补偿的缺失也是对库区群众生态环境保护积极性的打击。因此，需要尽快建立生态补偿机制，明确长江上下游地区在生态保护方面的责、权、利，从而实现长江上下游地区协调、可持续发展。
本文提出了构建生态补偿机制整体框架的思路，明确生态补偿的特点和意义，总结国内外生态补偿经验，结合区域生态补偿的必要性分析，通过界定生态补偿主客体、制定补偿依据与原则、确定补偿标准测算方法与选择补偿方式，从而构建流域生态补偿机制的整体框架。论文大致可以分为三个部分，主要研究内容及结论如下：
第一部分，主要是论文的第二章，这一章对生态补偿的相关理论和概念进行了梳理和阐述，主要是生态补偿实践的理论支持，有公共产品理论、外部性理论、生态价值理论等。随后对生态补偿的概念进行阐释，结合国内外生态补偿概念的综述，对诸多概念的差异进行分析，进而得出自己对于生态补偿概念的认识，要从五个方面对生态补偿进行剖析和理解。进而对生态补偿的基本原则进行阐述，并归纳了国内外生态补偿的实践以供借鉴。
第二部分，论文的第三章对三峡库区生态补偿的必要性进行分析，主要结合三峡库区的具体情况，分析三峡库区生态环境的现状，也即库区生态环境面临的问题和困难，结合现阶段库区生态建设和环境治理两方面实施的生态环境保护和治理的具体措施，进而说明对三峡库区进行生态补偿具有的实现库区经济、社会、环境协调发展，实现上下游地区协调发展，以及实现社会公平，建设和谐社会的重大意义。
第三部分是论文的第四章，对三峡库区生态补偿设计整体的框架，生态补偿机制的设计主要是从生态补偿的范围、生态补偿主客体、生态补偿的标准以及补偿的途径这些方面进行架构设计的尝试，尤其是在生态补偿的标准的确定上，这也是现阶段学术界研究、关注较多的一个方面，从生态补偿的成本和收益的分析确定生态补偿标准应该是基于生态补偿成本进行。最后是对政府间合作，即行政协议的方式在三峡库区生态补偿的实践中的应用进行相关的探索，以期为我国区域生态补偿问题提供一定的借鉴。