马腺疫病原靶向fneB基因的LAMP检测方法的建立及应用

来源 :新疆农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:rongerxingfu
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目的:建立fne B-LAMP检测方法用于检测马腺疫病原马链球菌马亚种(SEE),优化该LAMP检测方法,并检测特异性,灵敏度,建立快速简便的LAMP方法,为基层用LAMP检测马腺疫提供理论基础和操作方法。方法:以马链球菌马亚种4047全基因组中的fne B基因序列为靶序列(FM204883.1),经Blast特异性对比选择保守区,用在线设计软件设计引物,以水煮法提2株阳性菌株DNA为模板,选63℃、60 min为扩增条件用水浴锅进行LAMP扩增,筛选引物,建立初步可视化fne B-LAMP检测方法。从温度、时间、镁离子浓度、d NTPs浓度、甜菜碱浓度五个方面优化体系;通过检测大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、无乳链球菌,以及鼻拭子样本分离的蜡状芽孢杆菌、链球菌五株菌确定LAMP特异性;将SEE模板经核酸定量后10倍梯度稀释,分析该方法的灵敏性并与PCR比较。用以优化确定的fne B-LAMP法检测经过测序分析的分离菌株。采集伊犁地区3个马场患马腺疫马匹的鼻拭子38份以及2份脓汁,通过5%绵羊血琼脂平板增菌及生化鉴定,对β溶血的链球菌靶向扩增fne B基因,克隆测序分析比较同源性。并对同样产生β溶血的1株杆状菌株及1株α溶血的链球菌株测序。结果:用水浴锅初步建立可视化fne B-LAMP检测方法,确定优化后的恒温水浴锅温度为65℃,时间60 min,甜菜碱浓度为5 M,镁离子浓度为40 m M,d NTPs浓度为7 m M;特异性强,两株阳性菌检测结果为阳性,另外5株常见菌检测结果阴性;该检测方法灵敏度达8 pg/μl,比PCR灵敏性高10-4拷贝。fne B-LAMP检测方法检测7株分离菌检测结果阳性,通过凝胶成像检测呈梯形条带,可用于检测马腺疫。通过对β溶血的链球菌靶向扩增fne B基因并克隆测序分析,40份临床样本中分离鉴定出6株马链球菌马亚种,1株马链球菌兽疫亚种。来源于同一马场从鼻拭子分离的的4株马链球菌马亚种之间核苷酸同源性在96%~99%,氨基酸同源性达96%~99%;颌下淋巴结脓汁分离株与马链球马亚种同源性为99%;1株马链球菌兽疫亚种与登录号为FM204884.1的菌株同源性达最高。另外1株β溶血的杆状菌测序结果为蜡状芽孢杆菌和α溶血菌株为链球菌。结论:建立的fne B-LAMP检测方法可用于马腺疫病原检测,检测方式简单快速,在粗提模板的情况下只需简单的恒温仪器反应1h可以得到可视化的检测结果;从马腺疫临床样本上用fen B基因也可以检测到马链球菌兽疫亚种,颌下淋巴结脓汁更易分到马链球菌马亚种。
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