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本研究利用脚本语言( Perl scrip2)编写一系列程序，成功建立了对猪圆环病毒2型ORF1的Genbank数据进行快速整理和信息挖掘的快速处理流程。同时，应用MUSCLE、MrBayes和PAML等生物信息学工具对经过整理的猪圆环病毒2型ORF1的Genbank数据进行深度的分析，快速进行序列比对并获得了高解析度的BMCMC系统发育树，再以该BMCMC系统发育树为基础数据进行了基因选择压力的分析。结果表明，中国的猪圆环病毒2型ORF1可分为三群，其中两群可能存在明显的祖先，另一群则可能经过多次从不同地方在不同时间传入中国。另外，应用PAML位点模型和分支位点模型（将不同群各设为前景）对猪圆环病毒2型ORF1基因进行选择压力分析的结果表明，在各分支上并没有发现有明显处于正选择压力之下的位点，PCV2的ORF1基因在进化上相当保守，所有模型的dN/dS值均小于等于1(P>0.05)，提示该基因没有处于明显的选择压力之下，所有位点的突变均为中性选择位点或净化选择位点。以上结果首次从选择压力分析的角度说明PCV2的ORF1基因在进化上相当保守，为功能保守的基因，这为以后筛选PCV2毒株制各抗ORF1蛋白的单克隆抗体提供理论依据。
针对PCV20RFl基因设计特异性引物，以PCV2全基因组为模板，用PCR方法扩增出大小为945bp的目的片段，将其定向克隆到原核表达载体pET-28a中，获得了重组质粒pET28a-ORF1。将该重组质粒转入表达菌BL21(DE3)中，用IPTG进行诱导表达，获得了大小约为40kDa的重组蛋白Rep。Western-blotting结果表明该重组蛋白能与PCV2阳性猪血清发生特异性反应。同时又将该目的片段PCV2-ORF1克隆到杆状病毒转移载体pFastBacHT(B)上，利用Bac-to-Bac杆状病毒表达系统表达Rep蛋白，Western-blotting结果表明外源的Rep蛋白在昆虫细胞里成功实现表达。但是杆状病毒系统表达出的Rep蛋白的表达量远小于原核系统的表达量，出于成本的考虑，本实验对原核表达的Rep蛋白进行纯化，并以纯化后的Rep蛋白作为制备单克隆抗体的免疫原。
用纯化好的重组蛋白Rep免疫BALB/c小鼠，进行单克隆抗体的制备，本实验成功获得了针对PCV2 Rep蛋白的三株单克隆杂交瘤细胞1G1、7B3、llF5，其亚类均为IgG1，轻链均为k型。制备三株单克隆杂交瘤细胞的小鼠腹水单抗，同时构建重组质粒pcDNA3.1-ORF1，将其转染BHK-21细胞，以制各的腹水单抗为一抗，进行间接免疫荧光鉴定。实验结果表明，制备的三株单克隆抗体都与真核细胞表达的Rep蛋白具有良好的反应性，这为以后Rep蛋白的结构和功能的研究奠定良好的基础。