非小细胞肺癌相关抑癌基因甲基化的研究

来源 :南京大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yangglan2
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[背景与目的]  肺癌,以非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)为主,是世界范围内癌症致死的首要原因,其生存率在过去的二十年间并没有得到太大的改变,主要原因是大约2/3的病人在诊断时已经发生局部或远处转移。如果NSCLC在早期就得到发现,生存率将会大幅提高。肺癌传统的诊断主要依赖于影像学及痰脱落细胞学检查,作为早期发现或早期筛查的作用比较局限。因此,进一步深入研究NSCLC发生发展的分子机制,寻求有效的早期诊断标记,进行早期干预、早期治疗,是提高患者生存率的保证。  其中,抑癌基因(tumor suppressor genes,TSGs)5-CpG岛的DNA异常甲基化表现出良好的前景。DNA甲基化是最重要的一种表观遗传修饰方式,高甲基化所致基因转录失活,与胚胎发育和肿瘤疾病有着密切关系。由于DNA甲基化状态的改变常发生于遗传学改变之前,故早期检测到NSCLC患者特异性的CpG岛甲基化可作为肿瘤发生初期的依据之一。并且,肿瘤患者的外周血、痰液及支气管灌洗液等临床标本中,存在着循环肿瘤细胞(circulating tumor cells,CTCs)及肿瘤细胞坏死而间接释放出来的游离DNA,使得CpG岛甲基化成为一种无创的检查方法。  目前,DNA甲基化在NSCLC中的研究大多是针对西方人群的结果,并且在已有的报道中,这些最常发生甲基化的位点也往往不相一致,而国内的相关研究还比较有限。因此,本实验将在中国人群中确定一组敏感而特异的抑癌基因甲基化谱,探讨其在NSCLC发生发展中的意义和用于早期诊断的价值。我们联合检测20个相关抑癌基因在NSCLC组织中的甲基化状况,包括APC、BRCA1、CDH13、CMTM3、DAPK、DLEC1、EFEMP1、FHIT、hMLH1、KLK10、LSAMP、MGMT、NORE1A、OPCML、p14ARF、p16INK4A、RARβ、RASSF1A、RUNX3和 SFRP1,进而从中筛选出一组有效的基冈组合在血浆标本中进行验证。对部分特异性较好的抑癌基因SFRP1、DLEC1和KLK10,进一步进行mRNA或蛋白表达水平的分析,以明确DNA甲基化对这些基因的表达凋控在NSCLC发生发展中的作用。KLK10在肺癌中的功能研究尚未见诸报道,我们通过构建pEGFP-KLK10重组质粒载体,并稳定转染A549和SPC-A1肺腺癌细胞株,进行体内外实验,证实其在NSCLC中的抑癌基因功能。  [材料与方法]  1.标本收集:78例NSCLC患者组织标本(癌组织及癌旁>5cm处或切缘处正常组织),110例Ⅰ/Ⅱ期NSCLC患者(58例与组织匹配)及50例肺部良性病变组织或健康献血者的血浆标本。  2.基因组(组织和血浆)DNA提取,亚硫酸氢盐修饰,甲基化特异性PCR(MSP)检测各抑癌基因甲基化状况。  3.细胞培养及去甲基化药物处理:肺腺癌A549和SPC-A1细胞以10μmol/L的5-氮杂胞苷处理3d后进行DLEC1和KLK10基因甲基化和mRNA表达检测。  4.组织及细胞总RNA提取,RT-PCR或Realtime-PCR检测SFRPs、 DLEC1和KLK10基因mRNA表达。  5.免疫组织化学检测DLEC1基因蛋白表达。  6.构建KLK10基因重组质粒载体pEGFP-KLK10,并转染A549和SPC-A1细胞株,经双酶切、测序、RT-PCR和Westren鉴定。  7.平板克隆实验、裸鼠成瘤实验检测KLK10转染组细胞体内外增殖能力。  8.采用SPSS13.0软件进行统计分析,P<0.05为差异有统计学意义。计量资料采用t检验,计数资料采用x2检验或Fisher确切概率法  [结果]  1.9个基因在NSCLC肿瘤组织和正常组织的甲基化具有显著差异(P≤0.001):APC(44/78 vs10/78)、CDH13(38/78 vs8/78)、KLK10(36/78 vs5/78)、DLEC1(32/78 vs3/78)、RASSF1A(31/78 vs6/78)、EFEMP1(28/78 vs7/78)、SFRP1(25/78 vs6/78)、RARβ(24/78 vs7/78)、p16INK4A(20/78 vs5/78),被筛选出来在110例Ⅰ/Ⅱ期NSCLC和50例非肿瘤血浆中进一步鉴定。9个基因在NSCLC血浆中的甲基化均高于非肿瘤血浆,且在血浆中的甲基化状况与组织中具有良好的一致性。APC、RASSF1A、CDH13、KLK10和DLEC1这5个甲基化位点的组合检测,对NSCLC诊断的敏感性达到83.64%,特异性为74.0%。  2.NORE1A、FHIT、CMTM3、LSAMP和OPCML5个基因仅在40例样本中检测,其余15个基因在78例样本中的甲基化分布情况表明,肿瘤组织的平均甲基化基因数显著高于正常组织(4.32±0.85 vs0.91±0.42,P<0.001); CpG岛甲基化表型(CpG island methylatorphenotype,CIMP)刚性见于65.38%(51/78)的NSCLC组织而仅见于1.28%(1/78)的正常组织(P<0.001),并且CIMP阳性与患者临床分期(P=0.007)和淋巴结转移(P=0.031)相关。  3.SFRPs家族成员(SFRP1、2、4和5)中,SFRP1在41例(52.6%) NSCLC组织中的表达较正常组织下调或缺失(P=0.006),SFRP2在肿瘤组织和正常组织中表达无显著差异(P>.05),而SFRP4在71.8%(56/78)的NSCLC标本中表达上调(P<0.001),SFRP5在大部分(60.3%,47/78)的肿瘤组织和正常组织中均表达沉默。进一步分析SFRP1基因甲基化状况,发现32.1%(25/78)的NSCLC组织检出SFRP1启动子高甲基化,且与SFRP1转录本失活(P<0.001)和患者淋巴结转移(P=0.039)有关。  4.41.0%(32/78)的NSCLC组织检出DLEC1启动子高甲基化,显著高于相应正常组织(3.8%,3/78)和良性对照组织(0/25)(P<0.001),且与患者临床分期(P=0.011)和淋巴结转移(P=0.019)有关。DLEC1 mRNA和蛋白表达在44例(56.4%)肿瘤组织中较正常组织和良性对照组织下调或缺失(P=0.012),且与启动子高甲基化有关(P<0.001)。5-氮杂胞苷处理使A549和SPC-A1细胞恢复DLEC1表达。  5.KLK10外显子3高甲基化在46.2%(36/78)的NSCLC组织中存在,显著高于相应正常组织(6.4%,5/78)和良性对照组织(0/25)(P<0.001),并与患者临床分期(P=0.013)和淋巴结转移(P=0.015)有关。45例(57.7%)肿瘤组织的KLK10 mRNA表达比相应正常组织和良性对照组织下调(P=0.010),且KLK10转录本失活与外显子3高甲基化有关(P<0.001),5-氮杂胞苷处理亦使A549和SPC-A1细胞恢复KLK10表达。KLK10重组质粒转染的A549和SPC-A1细胞的体外克隆形成能力和裸鼠体内成瘤能力受到显著抑制。  [结论]  1.在中国人群中筛选出一组NSCLC敏感而特异的抑癌基因甲基化谱,有望应用于NSCLC辅助诊断。  2.CIMP阳性是NSCLC组织相对于正常组织的重要特征,为揭示其发病机制提供新的线索并可能作为NSCLC分类和预后评估的潜在指标。  3.高甲基化引起的SFRP1、DLEC1和KLK10基因失活是NSCLC发生发展中的重要分子事件。  4.首次证实KLK10基因在NSCLC中的抑癌基因功能。
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