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在生命科学领域,开发用来治疗人类复杂疾病的药物作用靶点一直是一个热点问题。模式生物为人类疾病病理的理解和开发新的人类疾病治疗药物提供了依据,但是在不同的物种中的药物靶点所参与的生物过程和疾病靶通路是不同的。这种差别是由于在物种和它们的基因组进化的过程中造成的。另一方面,随着基因组学的发展,越来越多的全基因组序列被测序研究,对基因组序列进行比较分析的比较基因组学就成为了后基因组时代的一个有力工具。这使得利用比较基因组学研究人类药物靶点成为可能。这里我们研究了1325个人类药物靶点基因在普通牛、家犬、猕猴、小鼠、猩猩、穴居人和褐家鼠七种哺乳动物中的同源基因的适应进化模式。我们首先对药靶基因与非药靶基因以及药靶基因与人类全部基因在七个物种中的进化模式进行了比较;接着我们按照Gene Ontology和ATC两种分类方式横向比较了不同种类药靶基因的选择进化模式;最后我们对种系间的不同适应进化模式进行了纵向比较。我们发现人类药物靶点基因在人-七种哺乳动物中具有大约80％的同源基因比率,这要远远高于非药靶基因的40％左右。药物靶点基因比全部人类基因有较低的dN,dN/dS。不同的药物靶点基因分类中具有不同的选择进化作用,按照Gene Ontology分类的离子通道药物靶基因在七个物种中都具有最低的dN/dS,显示了较高的纯化作用;而酶类药物靶基因在七个物种中具有较高的dN/dS,显示了较高的正向选择作用。按照ATC分类中的神经系统药物对应的药物靶点基因在七个物种中都具有最低的dN/dS,显示了较高的纯化作用;而抗感染药物对应的药物靶点基因则具有最高的dN/dS,显示了较高的正向选择作用。通过比较不同种系间的同源基因的进化模式,我们发现人类药物靶点基因在七个物种中的dN/dS中位数分别为0.0974,0.0981,0.1411,0.0880,0.1291,0.1368和0.0874。虽然存灵长类动物中人类药物靶基因具有较小的同义突变率(dS)和非同义突变率(dN),但是在三个灵长类物种中具有比其它物种中更高的进化速率(dN/dS)。我们的研究发现为药物靶点的选择和药物在模式生物中的研究提供了广泛的基因组学信息。