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我国西部山区，特别是青藏高原地区独特的生态环境孕育了数百种高原特有的药用植物，而这些药用植物必然也蕴含一些特殊的内生菌。对这些特有药用植物及其内生菌进行系统的化学成分研究，从中寻找结构新颖的活性成分和先导结构是研发具有自主知识产权新型药物的重要途径之一。本论文以液质联用和活性追踪为引导，利用各种色谱、波谱技术对2种藏药材（唐古特铁线莲、唐古特马尿泡）和1种西部特有属药用植物（斜萼草）以及2株分别从唐古特马尿泡和岩白菜植物体中分离出的内生真菌-Lachnum palmae和Saccharicola bicolor进行了化学成分研究，从中共分离鉴定出117个化合物，发现了35个新结构。生物活性筛选表明部分化合物具有一定的细胞毒活性和抑菌活性。详细研究结果如下: 第一章报道了从藏药材唐古特铁线莲全草的正丁醇部位分离得到的18个齐墩果烷型三萜皂苷，其中新化合物8个(CT-1～CT-8)，水解制备1个新的次级苷。其中，化合物CT-4～CT-7为在自然界少有的23，28位双糖链糖苷，CT-8及其次级苷CT-8a为含有多达8个糖基的皂苷。细胞毒活性测试显示，化合物CT-11～CT-14对所测细胞株SGC-7901、HepG2、U251MG和HL-60均具有细胞毒性(IC50范围为8.18～27.20μmol/L)，而化合物CT-4和CT-6也对SGC-7901表现出一定的细胞毒活性，IC50分别为24.14和21.35μmol/L。 第二章报道的是从藏药材唐古特马尿泡全草正丁醇部位分离鉴定出的22个化合物，其中新化合物3个(PT-13～PT-15)，均为氯代酚苷类化合物。另外，化合物PT-7，PT-8，PT-10，PT-16和PT-18-PT-22为首次从该种植物中分离得到。细胞毒活性测试表明，化合物PT-13对SMMC-7721显示出微弱的细胞抑制作用，IC50值为38.1μmol/L。 第三章为斜萼草的化学成分研究。从该西部特有属药用植物全草醇提物的乙酸乙酯萃取部位分离鉴定了5个化合物，其中有3个新化合物(LU-1～LU-3)，均为劳丹烷型二萜类;从其正丁醇萃取部位分离鉴定出19个苷类化合物(LU-6-LU-24)，均为首次从该种植物中分离得到。细胞毒活性测试显示化合物LU-3对A549具有较弱的细胞毒活性，其IC50为22.4μmol/L。 第四章的内容是利用组蛋白去乙酰化酶抑制剂伏立诺他对唐古特马尿泡内生真菌Lachnum palmae的次生代谢产物进行表观遗传调控的研究。从调控代谢物中分离鉴定出化合物25个，其中新化合物有9个，包括7个卤代异香豆素(LP-1～LP-7)和2个环戊烯酮衍生物(LP-20，LP-21)。抑菌活性测试表明卤代异香豆素（LP-1～LP-7）对细菌（Bacillus subtilis）和真菌（Cryptococcus neoformans、Penicillium sp.）显示出较好的抑菌效果，MIC值范围为20～55μg/mL。 第五章报道了利用OSMAC（一菌多产）策略对岩白菜内生真菌Saccharicolabicolor进行次生代谢产物调控的研究。从其发酵产物中共分离鉴定出化合物28个，有12个为新化合物，包括10个卤代环戊烯衍生物(SB-1～SB-10)和2个氯代酚苷类化合物(SB-27，SB-28)。抑菌活性测试显示卤代环戊烯衍生物（SB-1～SB-10）对细菌(Bacillus subtilis)和真菌（Cryptococcus neoformans、Penicilliumsp.）显示出较好的抑菌效果，MIC值范围为15～55μg/mL。 最后一章为综述，概述了近年来科学家利用表观遗传修饰来调控微生物产物的多样性，进而开展新化合物寻找的新策略。