【摘 要】
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重复序列是植物基因组的主要组成部分,在基因组结构变异中起着重要作用。利用NCBI数据库中459种植物的基因组,对全部基因组基于最新的DFAM和repbase数据库重新注释了串联重复
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重复序列是植物基因组的主要组成部分,在基因组结构变异中起着重要作用。利用NCBI数据库中459种植物的基因组,对全部基因组基于最新的DFAM和repbase数据库重新注释了串联重复序列和转座子(Transposable Element,TE),并发布了植物重复序列的新数据库:PlantRep。通过植物系统演化的基因组重复序列的比较,揭示了不同植物类群中存在重复序列对基因组的贡献的异同。通过对重复序列亚家族的深入比较,发现在植物演化的类群中存在从低等植物向高等植物递增的分布和只存在于部分物种的特异分布。比较不同植物类群重复序列拷贝的核苷酸序列,发现了植物不同类群之间核苷酸分歧率存在差异。结合基因注释,研究了在基因不同区域重复序列的分布频率。PlantRep揭示了不同植物类群重复序列的分布特征,并为植物重复序列的比较基因组研究提供了数据基础。
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