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随着经济的发展，资源在不断满足经济增长的需要，同时也带来了必然的危及人类生存的生态环境恶化，我们一直在探索如何合理的保护资源，如何做到资源保护和经济的协调发展，可持续发展。生态补偿制度作为其中的一个微观方面，是一个不容忽视的方面，它是一个生态、经济、法律的综合体。 生态补偿是对因保护环境而丧失发展机会的区域内的居民进行的资金、技术、实物上的补偿，政策上的优惠，以及为增进环境保护意识，提高环境保护水平而进行的科研、教育费用的支出。其目的在于消除过多人工能量的加入导致的原有生态系统的失衡。但这并不意味着我们要减少人类活动的范围，针对现代文明导致的全球性的生态问题，采取相应的补偿措施，减少人类活动给生态系统带来的损害，恢复整个生态系统的物质与能量循环。目前，我国尚未实行生态补偿制度，但存在生态补偿的实质，生态补偿的做法也在不断改善。2001年底，我国建立了生态建设基金，并启动了试点工程，其中河南、山东、陕西、江苏4省及上海、天津、柳州3市已开展二氧化硫排放总量控制及排污权交易政策试点工作，特别是河南省的郑州、洛阳、焦作、安阳、三门峡、济源等6市12县先期实施排污权交易。这些准备和探索为生态补偿制度的建立打下了基础。 本文从客观角度分析了生态补偿制度的存在和发展，从时间角度分析了建立该制度的必要性和可行性，从经济角度阐述了该制度的资金来源及管理使用，从法律角度探索研究了行为主体的权利、义务及法律责任。本文侧重点在于针对现阶段生态补偿制度存在的问题，提出了该制度的设计模式。首先是建立该制度的前提，就目前情况看，我国人口问题、资源问题、环境污染问题已成严重趋势，严重影响了我国经济的发展，如不及时扭转生态系统的整体恶化，其造成的损失和负面影响还将扩大，这有违生态系统平衡、外部不经济和社会费用的理论及宪法、环保基本法和综合性生态法的立法意图，基于此，依据现代生物圈、现代生态学、生态经济学和可持续发展的原理，提出建立生态补偿制度。其次是针对现存生态补偿制度的不足：政府补偿比重过大，没有充分发挥市场补偿的作用，市场补偿制度的不成熟，生态补偿相关的法律制度不配套。设计了制度模式并把制度具体化，在可持续性与效益性原则下，提出了政府补偿与市场补偿，对人的补偿与对物的补偿等制度。最后是强化资金来源，借鉴外国的做法，结合我国实际情况，采取以下几种途径:征收排污费、环境税、一般财政收人的一部分、发行国债、接受捐助等。