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具真分枝的蓝藻(the true branching cyanobcateria)是一类具爬行枝或同时具爬行枝和直立枝，和具异形胞分化的丝状蓝藻，是形态结构最为复杂的蓝藻类群。原为蓝藻门，蓝藻纲四目中的一目（真枝藻目，Stigonematales），但随着分子生物学研究手段的发展，发现具异形胞的蓝藻为单系起源，而具真分枝的蓝藻为多系起源。因此在新的分类系统中，念珠藻目(Nostocales)包含了所有具异形胞的蓝藻，而具真分枝的蓝藻则被分为4科46属。真枝藻属Stigonema是具真分枝蓝藻中种类最多，形态最为复杂的一个类群。 本研究于2011年8月至2014年8月三年时间，在中国南部，西南，中南，以及东北地区进行了多生境的标本采集，共采集样本1374份。依据标本的形态学特征共鉴定出具真分枝的蓝藻2科5属46种，3变种，其中包含21个新种，2个新变种，13个新记录种，1个新记录变种。其中，真枝藻属19个新种，2个新变种，13个新记录种，1个新记录变种。从环境样品中成功获取实验条件下不能纯化培养的真枝藻属的16S rRNA基因、nifH基因、rbcLX基因及cpcBA-IGS基因序列。各个基因的分子系统发育分析显示真枝藻属的种类为单系起源;在种的水平上，分子进化位置在一定程度上与形态学分类一致，但仍存在部分分子数据与形态学分类不吻合的物种。基于本研究中获得的大量具真分枝蓝藻的16S rRNA基因、nifH基因、rbcLX基因及cpcBA-IGS基因序列的进化分析及系统进化分析示意图显示:具异形胞蓝藻为单系起源，而原真枝藻目为多系起源;相对于原真枝藻目其它科属，真枝藻科与原念珠藻目的种类具有较近的亲缘关系;伪枝蓝藻科和伪枝藻属均为多系起源;相对于原念珠藻目的其他科属，伪枝藻科与真枝藻科进化关系更近;真分枝和伪分枝的蓝藻在系统进化上形成了3个混合的分枝类群，说明其在形态和进化上具有共同的起源，但至少是三个不同的祖先。分子系统分析还表明丝状体分枝的类型并不能作为真分枝的蓝藻分类的特征。Fischerella-cluster虽为T-type和V-type混合分枝类型，但由于其生境差异较大，并不能合并成一个属。