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许氏平鲉因其肉质鲜美、营养丰富等特点已经成为我国北方重要的经济鱼类之一。由于过度捕捞和近岸生态环境的变化使得野生资源锐减,因此进行许氏平鲉人工增养殖及种质资源的开发与保护极其重要,分子标记辅助育种为此工作提供了方便有效的工具。本研究首次利用简化基因组测序技术开发出49个具有多态性的微卫星标记,运用微卫星标记对野生群体和选育群体进行了遗传多样性分析,并分析了微卫星标记与生长性状、性别之间的相关性。1.许氏平鲉微卫星标记的开发及评价对许氏平鲉进行简化基因组测序,设计微卫星引物384对,可稳定扩增的引物361对,占94%。在使用30个长岛野生群体的个体对这些引物进行评价时有49对引物表现出了多态性,在野生群体中共检测出204个等位基因,每个微卫星位点的等位基因数(Na)在2-25之间,平均等位基因数为7.8478个,其中位点HJ6-30、HJ6-32、HJ6-57、HJ7-46、HJ9-6、HJ10-2、HJ10-6等位基因数最少,各得到2个等位基因,位点HJ7-60的等位基因数最多,得到21个等位基因。有效等位基因数(Ne)为1.1421-12.9496,平均值为4.5307;观测杂合度(Ho)为0.0417-1.0000,平均值为0.5993;期望杂合度(He)范围为0.0966-0.9384,平均值为0.6855;多态信息含量(PIC)在0.0905-0.9088之间,平均值为0.5971,其中高度多态的位点(PIC>0.5)有35个,占总位点数的71.42%,中度多态位点(0.25<PIC<0.5)有7个,占14.29%,低度多态位点(PIC<0.25)有7个,占14.29%。显著偏离Hardy-Weinberg平衡的有15个,占总数的30.6%。本研究开发的多态性微卫星标记为许氏平鲉遗传图谱构建、分子标记辅助育种等提供了更多标记选择。2.许氏平鲉微卫星标记与体长、体重、体高的相关性分析运用26个微卫星标记在海捕许氏平鲉群体中进行微卫星筛选,每个微卫星位点的等位基因数(Na)在3-21之间,有效等位基因数(Ne)为1.1815-15.5676;观测杂合度(Ho)范围为0.0417-0.9999;期望杂合度(He)范围为0.1581-0.9456;多态信息含量(PIC)范围为0.1509-0.9320。利用单标记分析法分析了多态性较高(PIC>0.5)的22个标记与体长、体重、体高的相关性,其中HJ2-32与体长、体重和体高具有显著相关(P<0.05),推断等位基因D与C对于体重、体长、体高具有重要的正向与负向影响;HJ7-2与体重显著相关;HJ7-22与体长显著相关,推测等位基因F对体长具有正向影响,等位基因B对体长有负面影响。通径分析表明体高对体重的直接作用大于体长对体重的直接作用。3.许氏平鲉野生和选育群体的遗传多样性研究从自行设计的微卫星标记中选取24个多态性标记在一个野生群体和一个选育群体中扩增,分析两个群体的遗传多样性。结果表明野生和选育群体的平均等位基因数(Na)分别为8.5000、6.9583,有效等位基因数(Ne)的均值分别为4.5484、3.6365,期望杂合度(He)均值分别为0.6421、0.5840,多态信息含量均值(PIC)分别为0.6088、0.5490,平均香农-威纳指数均值为1.4605、1.2834,但F检验发现无显著差异,发现两个群体的遗传多样性都处于高度多态水平,但选育群体遗传多样性水平低于野生群体。本研究结果说明人工定向选育对选育群体的遗传多样性产生了一定影响,在许氏平鲉的人工繁育中,通过使用较大数量的亲本进行繁育可有效防止选育群体的遗传多样性降低。4.许氏平鲉性别相关微卫星分析选取28个微卫星标记在不同性别的许氏平鲉个体中筛选性别相关性标记。解剖鉴别雌雄性别,个体数均为30尾。结果表明,雌雄群体的遗传多样性差异未达到显著水平(P>0.05),除标记HJ10-35外27个标记在雌雄个体中存在特异性等位基因,但特异性等位基因只出现在个别个体中,配对样本T检验等位基因频率结果差异均不显著(P>0.05)。未获得与性别准确相关的微卫星标记。本研究获得的微卫星标记多态性较高,可用于许氏平鲉群体遗传结构分析,遗传连锁图谱的构建和QTL定位等相关研究。野生群体和选育群体的遗传多样性分析为增殖放流和种质资源的保护提供数据基础。筛选得到与许氏平鲉生长性状相关的标记可以用于分子标记辅助育种。性别相关研究结果为许氏平鲉早期性别鉴定积累了基础数据。