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本研究首先分析鉴定了东北三省番茄主要种植区番茄叶霉病生理小种的种群结构。并在番茄叶霉病抗性遗传分析的基础上,利用AFLP和SSR技术找到了与番茄抗叶霉病基因Cf11和Cf19连锁的AFLP标记和SSR标记,同时还利用的到的AFLP标记对番茄种质资源进行了分子鉴定和人工接种鉴定。主要研究结果如下:1.对黑龙江、吉林和辽宁三省的番茄叶霉病菌生理小种的分析鉴定结果为:采集到的33个菌株主要为生理小种1.2、2.3、1.2.3、1.2.4和1.2.3.4。其中以小种1.2.3.4为主,占调查总数的57.75%,其次是生理小种1.2.3占调查总数的20.1%。2.本试验分析了组合HN19（感病品种）×HN43（抗病品种）的杂交后代对番茄叶霉病菌1.2.3.4生理小种的抗病反应。经鉴定表明:两个亲本间抗、感差异明显,父本HN43均表现抗病,母本HN19均表现感病;F2群体抗病与感病株数的分离比为:3.08:1.00,符合3:1的分离比例。分析结果表明:父本HN43对番茄叶霉病菌1.2.3.4生理小种的抗性是由单基因控制的显性性状。3.本试验分析了组合HN16（感病品种）×HN42（抗病品种）的杂交后代对番茄叶霉病菌1.2.3.4生理小种的抗病反应。经鉴定表明:两个亲本间抗、感差异明显,父本HN42均表现抗病,母本HN16均表现感病;F2群体抗病与感病株数的分离比为:3.17:1.00,符合3:1的分离比例。分析结果表明:父本HN42对番茄叶霉病菌1.2.3.4生理小种的抗性是由单基因控制的显性性状。4.筛选到6个与抗番茄叶霉病基因Cf19连锁的标记。其中5个AFLP标记E38M61-2、E66M84-4、E66M44-1、E77M50-1和E77M50-2与Cf19的遗传距离分别为9.7 cM、10.7cM、12.75 cM、13.45 cM和14.4 cM:1个SSR标记SSR318与Cf19的遗传距离是12.5 cM。5.筛选到5个与抗番茄叶霉病基因Cf11连锁的标记。其中4个AFLP标记E54M37-G、E62M1-A、E85M79-D、和E62M59-G与Cf11遗传距离分别为10.1 cM、12.3cM、14.5 cM和18.8cM;1个SSR标记SSR46与Cf11遗传距离是13.7cM。6.对95份番茄种质资源进行了叶霉病生理小种1.2.3.4的抗性鉴定,人工接种鉴定共得到15份抗病资源,应用2个AFLP标记鉴定得到3份含有Cf11基因的抗病材料和2份含有Cf11基因的抗病材料。分子鉴定的结果与人工接种鉴定的结果高度吻合。在番茄抗叶霉病育种的工作中应考虑如何对这些抗病资源进行有效的利有,从而培育出多抗性品种,防止品种的抗性快速丧失。