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微型真核生物（Microbial eukaryotes）是真核生物的重要组成部分,它们种类繁多,且形态大小各异。地球表面约71%被海洋所覆盖,浩瀚海洋中,微型真核生物无处不在,它们在水生食物网中充当生产者、消费者、分解者,对物质和能量循环有巨大贡献。北部湾海域拥有丰富的自然资源,揭示北部湾典型海域生态系统中微型真核生物群落的结构和组成、多样性、空间分布特征及其影响因子,是海洋与海岸带环境演变的基本研究内容,对积极应对全球气候变化等重大全球环境问题以及海洋经济可持续发展战略具有重要意义。本研究于2020年8月在北部湾铁山港、营盘、涠洲岛、斜阳岛及涠洲岛西部远岸海域共布设21个站位采集海水和底层沉积物,检测常规环境理化因子水温、水深、透明度、盐度、pH、COD、DO、硅酸盐、亚硝酸盐、硝酸盐、氨、活性磷酸盐、有机碳、总磷、总氮,利用高通量测序技术获得微型真核生物数据,从而对北部湾夏季典型海域微型真核生物的丰度、丰富度以及群落结构进行研究,并通过主坐标分析（PCo A,Principal Co-ordinates Analysis）,无度量多维标定法（NMDS,Non-Metric Multi-Dimensional Scaling）分析了微型真核生物群落间的差异,通过Spearman相关性分析、Mantel test相关性检验和CCA分析了微型真核生物群落及其影响因子间的相关关系。主要研究结果如下:1、北海半岛夏季表层海水以潜在N限制为主,铁山港和营盘港近岸富营养化和有机污染比较严重,其余站位基本良好,影响表层水体叶绿素a含量的主要因素是有机质,可能与海域微生物强烈降解作用相关。2、检测到17219个OTUs,包含72门,241纲,431目,516科,990属,1839种。北部湾海水群落中丰度最高的微型真核生物类群为动物界,其次为原生生物界>植物界>真菌界>后生动物界>Discoba,丰富度表现为原生动物界（Eukaryota）>动物界（Animalia）>真菌界（Fungi）>植物界（Chloroplastida）>后生动物界（Metazoa）>Discoba。沉积物群落丰度则是原生生物界>动物界>植物界>真菌界>后生动物界>Discoba,丰富度表现为原生生物界（Eukaryota）>动物界（Animalia）>真菌界（Fungi）>植物界（Chloroplastida）>Discoba>后生动物界（Metazoa）。3、海水中微型真核生物alpha-多样性整体表现为铁山港和营盘港近岸海域较涠洲岛及其周边海域低;沉积物中则表现为铁山港和营盘港海域较涠洲岛及其周边海域高;整体而言,湾内及湾口高,湾外低,且沉积物群落alpha-多样性高于海水。4、根据beta-多样性分析结果,海水群落结构组成与沉积物群落之间有显著差异。海水样品之间差异性相较于沉积物明显,且表现出一定的区域差异,地理位置相近的海水样品在结构上也更相似,沉积物样品则无明显区域差异。5、北部湾微型真核生物多样性与总氮（TN）、盐度（Salinity）、pH、透明度（Transp）、溶解氧（DO）、活性磷酸盐（PO4-P）、亚硝酸盐（NO2-N）、化学需氧量（COD）、铵盐（NH4-N）、硅酸盐（Si O3-Si）呈显著相关关系。本研究对北部湾夏季微型真核生物进行了较为全面的描述,初步了解了北部湾海域微型真核生物群落结构与组成、地理分布差异及其相关环境因子,为北部湾海洋环境保护与海洋资源利用开发提供了生物基础。