非小细胞肺癌中肿瘤突变负荷与预后以及免疫浸润关系的探索

• 作 者: 吕姗
• 出 处: 吉林大学
• 发表日期: 2020年08期
• 关键词: 非小细胞肺癌 肿瘤突变负荷 免疫浸润

背景和目的:在多种恶性肿瘤中,肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)是否与生存结果相关或是否能够促进免疫治疗仍存在争议。近些前来,肿瘤突变负荷在肺癌免疫治疗疗效评价方面发挥着重要作用,但其具体机制及如何调控肿瘤微环境变化尚缺乏明确的报道,本文利用生物信息学数据总结分析TMB对非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)预后的影响,并进一步探讨TMB与免疫细胞浸润的关系。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中下载了1016例NSCLC患者的体细胞基因突变数据、转录组数据及临床数据,并使用R语言“maftools”软件包分析了突变概况,并计算了每个样本的TMB。我们把这些样本按TMB的高和低分成了两组,并进行生存分析。使用“limma”软件包对高低TMB两组的表达谱进行差异分析,得到差异表达基因。基于ImmPort数据库,我们筛选出免疫相关差异基因共16个。通过生存分析,我们从中得到了预后相关基因。基于TIMER数据库,我们进一步评估了在NSCLC中这些突变基因与免疫细胞浸润的关系。最后,通过Cox回归模型与生存分析来评估免疫细胞的预后价值。结果:生存分析提示高TMB组患者的生存率比低TMB组差。在获得的差异表达的基因中借助ImmPort数据库筛选出了16个免疫相关的关键基因。通过生存分析,我们得到了4个预后相关基因。通过免疫细胞浸润分析和生存分析得出较低的免疫细胞的浸润与肺腺癌的预后负相关。结论:1.对于NSCLC患者,低TMB的人群生存优于高TMB的人群。2.在肺腺癌中较高的TMB与较差的生存结果相关,可能与其抑制免疫细胞在肿瘤中的浸润相关。3.NSCLC患者高、低TMB组差异表达基因同时也是免疫相关的基因有16个,包括A2ML1、CALCA、DEFB132、DEFB107A、DEFB127、DEFB128、IFNK、MMP12、MUC5AC、NTS、PGC、PI3、PTHLH、RORC、S100A2、S100A7。4.NSCLC患者高、低TMB组差异表达基因同时也是免疫相关基因的16个基因中DEFB132、DEFB107A、DEFB127、DEFB128的高表达与不良的预后呈负相关。5.在肺腺癌中,B细胞、树突状细胞浸润水平较低的患者生存结果更差。