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企业是经济中的创新主体，企业R&D活动开展离不开经费的投入，如何合理的投入和有效的配置对企业创新能力提高，经济发展由追赶型向创新驱动型转变的最终实现有重要的影响作用。因此站在企业角度对R&D经费配置以及配置绩效展开研究很有必要。 本文主要是就科技型中小企业R&D经费配置绩效展开评价分析。论文在杭州市十大产业科技投入比较研究和杭州市“十二五”规划中期评估等项目的基础上展开，以截止2013年底经浙江省科技系统认定的科技型中小企业为研究样本，运用扎根理论展开了企业R&D经费配置理论研究，根据扎根分析总结了企业R&D经费配置三个核心概念并分析了核心概念之间的关系，通过实证研究，分别考察了企业R&D经费投入和配置对绩效的影响，对R&D经费配置绩效进行了评价。实证研究的主要结论如下:①企业R&D经费投入无论是从数量上还是强度上对产出能力和发展能力均有正向影响，科技型中小企业R&D经费投入量逐年提高，而投入强度逐年下降，企业经费投入呈现两极趋势;②政府部门资金对企业绩效指标的作用不显著;是否存在银行贷款对于企业的产出能力影响显著，但仅体现在扩大新产品销售收入方面;来自风险投资机构部分的资金对企业发展能力影响较小，开展联合研发的企业产出能力明显高于进行独立研发的企业;企业R&D经费来源构成中，主要是自身资金，其次是银行贷款，第三是政府资金，最后是风险投融资。最后，本文在实证研究结论的基础上从企业和政府层面提出了提高R&D经费配置绩效的相关建议。