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植物内生菌与植物宿主长期共生，具有了独特的遗传和代谢体系。地球上的植物种类繁多，分布广泛，为植物内生菌提供了极为复杂多样的生态栖息地，植物内生菌代表着一个相对未开发微生物资源库。研究结果表明植物体中存在着极为丰富的内生放线菌资源，内生放线菌在医药、农业和工业生产等领域具有广泛的应用前景。
对植物内生放线菌分离技术进行了系统的研究。对表面消毒剂和表面消毒的程序进行了比较，确定了一个较为有效而又对内生菌种群影响较小的表面消毒程序。对不同的分离培养基的分离效果进行了探讨，并比较了多种不同的样品预处理方法对内生放线菌选择性分离效果的影响。结果表明，采用冷冻、抑制剂浸泡处理的方式对植物样品进行预处理，可促进内生放线菌的分离。使用PVP和单宁酶降解植物组织内含量较高的单宁类物质可提高内生菌的出菌率。
对90种采集自西双版纳热带雨林的药用植物进行了内生放线菌的分离及其多样性的研究，结果表明分离到的2742株内生放线菌种群丰富，包含6个亚目，13个科，24个属，其中有14个潜在的新物种。
对实验中分离得到的部分菌株进行了抗癌、抗菌活性筛选，结果表明，一些内生链霉菌和内生稀有放线菌对多种肿瘤细胞和病原菌具有抗性，可作为新生物活性物质研究的良好材料。
对部分内生放线菌分离菌株的生理特性研究表明，内生放线菌的生理特性与土壤放线菌很相似。链霉菌属和假诺卡氏菌属菌株的适应性比较强，这可能是这两个属的菌株在植物组织中分布比较广泛的原因。
选择9个代表性内生放线菌菌株进行了形态学特性、培养特征，生理生化测定、细胞化学组分分析、DNA G+Cm01％、DNA同源性测定和16S rRNA基因序列分析等多相分类研究，确定了9个菌株的分类地位。其中，菌株YIM 56035被命名为内生假诺卡氏菌(Pseudonocardia endophytica sp．nov．)，YIM 56051被命名为紫珠假诺卡氏菌(Pseudonocardia callicarpa sp．nov．)，YIM 56185被命名为白色假诺卡氏菌(Pseudonocardia albi sp．nov,．)，YIM 56250被命名为榕属假诺卡氏菌(Pseudonocardia fica sp．nov．)，YIM 56238被命名为沉香微球菌(Micrococcusaquilus sp．nov．)，YIM 56134被命名为内生糖霉菌(Glycomyces endophytica sp．nov．)，YIM 56139被命名为白色糖霉菌(Glycom，vces albus sp．nov．)，YIM 56203被命名为接骨木糖霉菌(Glycomyces sambuca sp．nov．)，YIM 56256被命名为野甘草糖霉菌(Glycomyces scopa sp．nov．)。