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目的： 了解重庆地区近6年来手足口病患儿肠道病毒71型（EV71） VP1基因特征，并为肠道病毒71型VP1基因相关研究提供依据。 方法： 收集2011年至2015年手足口病住院患儿粪便标本，检测病原类型，利用巢式PCR方法，使用特异性诊断引物进行肠道病毒71型VP1基因片段的扩增，得到VP1基因全长段并测序。通过随机抽样的方法，共选择出116株病毒分离株，进行同源性分析，构建系统进化树，用疫苗株FY7VP5为对照比较重庆地区肠道病毒71型 VP1氨基酸变异情况。 结果： 1.2011年至2015年重庆地区病毒分离株全为C4a亚型，与Genebank上下载的C4a亚型代表株同源性高，且同时存在两个大的流行分支，其中一个大流行分支中还存在4个小流行分支。重庆地区EV71病毒存在时间聚集性，每年EV71流行分布也存在差异。 2.3株EV71疫苗株FY7VP5、H07、FY-23K-B与该地区病毒分离株同源性高。 3.以疫苗株FY7VP5为对照病毒株，共39株病毒分离株发现存在氨基酸变异，共发现15个氨基酸变异位点。 结论： 基因序列研究分析表明，2010年到2015年重庆地区EV71病毒分离株均属于C4a亚型，重庆地区EV71存在不同的传播链，具有时间聚集性，EV71的VP1基因核苷酸序列随着时间推移出现了变异。目前中国市场的EV71-C4株疫苗（疫苗株FY7VP5、H07、FY-23K-B）对重庆地区2010年到2015年病毒分离株有良好的覆盖。在疫苗株FY7VP5参照下，发现氨基酸变异位点较多，涉及的病毒分离株数量也较多，提示EV71病毒氨基酸序列具有高变异性。