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本研究以关中驴、晋南驴、广灵驴、德州驴和华北驴五个中国驴品种为研究对象，利用9个微卫星标记分析了品种内和品种间的遗传多样性。座位AHT5没有扩增，其余8个座位均表现高度多态。8个微卫星座位的等位基因数为4～12个，平均为8.6个，期望杂合度在0.869～0.644之间，平均为0.753，多态信息含量在0.554～0.745之间，平均为0.668。五个驴品种整体上处于Hardy-Weinberg平衡状态，在8个微卫星座位的平均等位基因数在5.8～6.5个之间，平均期望杂合度在0.690～0.755之间。经方差分析，五个驴品种间等位基因数、期望杂合度和多态信息含量无显著差异。五个驴品种两两之间均显著分化，总体上，在总变异中有5.3％属于品种间的变异。经Friedman检验，群体间分化程度的三种估计量θ（Weir和Cockerham，1984）、GST（Nei，1973）和ρST（Rousset，1996）之间无显著差异。以遗传距离DA（Nei，1983）、DAS（Chakraborty，1993）、DR（Reynolds，1983）、DSW（Shriver，1983）、（δμ）2（Goldstein，1995）构建NJ、UPGMA一致树，结果表明：由遗传距离DA、DAS构建的NJ、UPGMA一致树及由遗传距离DR、DSW、（δμ）2构建的NJ一致树的拓扑结构完全一样。由DSW、（δμ）2构建的UPGMA一致树相同，由DR构建的UPGMA一致树和前两类树均不同。DSW、（δμ）2的一致树的自展置信值和DA、DAS、DR一致树的自展置信值相当。五个驴品种间的遗传关系和前人研究有所不同，有待于基于较多微卫星座位和品种历史的进一步研究。以遗传距离DS和（δμ）2，每世代每座位的突变率为10-4，驴的世代间隔为3.5年，估计了五个驴品种间的分化时间。结果表明：以Ds估计的五个品种的分化时间在公元前1724～公元294年间，和历史的记载较吻合。